دانشگاه مذاهب آن‌گونه که از اسمش پیداست، با هدف آموزش همه مذاهب فقهی اسلامی از اوایل دهه 70 بنیاد نهاده شده‌ و یکی از اهداف اصلی آن تالیف و تقریب بیشتر بین پیروان مذاهب اسلامی و غنی‌تر ساختن بررسی‌های اسلامی بوده است.