احیای نظام استاد - شاگردی، یکی دیگر از دغدغه‌ها و البته ایده‌های شهید طهرانچی بود. شیوه‌ای که با تأسیس دانشگاه استاد فرشچیان برای اولین بار در کشور پیاده‌سازی شد تا جایی که به گفته سجاد محمد یارزاده، رئیس دانشگاه آزاد واحد هنر‌های اسلامی-ایرانی استاد فرشچیان یک کارگروه نیز با عنوان (نحوه اجرایی کردن شیوه استاد شاگردی) در شورای انقلاب فرهنگی تشکیل شده است. 
سجاد محمد یارزاده، رئیس دانشگاه آزاد واحد هنر‌های اسلامی-ایرانی استاد فرشچیان در ابتدای سخنان خود درباره وضعیت فعلی دانشگاه استاد فرشچیان توضیح داد: «شیوه آموزش استاد-شاگردی خاص دانشگاه فرشچیان یا دانشگاه آزاد نیست، بلکه یک حرکت کلان برای تحول نظام آموزش هنر است. استاد فرشچیان و دیگر بزرگان به این نتیجه رسیدند که روش‌های رایج نمی‌تواند هنرمندانی باکیفیت به جامعه تحویل دهد.» یارزاده ادامه داد: «برای اجرایی کردن این نظام، با آقای خسروپناه دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی صحبت کردم و با حمایت‌های آقای دکتر طهرانچی، یک کارگروه با عنوان «نحوه اجرایی کردن شیوه استاد شاگردی» در شورای انقلاب فرهنگی تشکیل دادیم که نمایندگان مستقیم تمام دستگاه‌های متولی آموزش هنر را در آن دعوت کردیم. به طور مثال بخش آموزش وزارت ارشاد را دعوت کردیم تا به این کارگروه بپیوندد تا بتوانیم نظام استاد-شاگردی را در تمام دستگاه‌های متولی آموزش هنر کشور نهادینه کنیم.»
رئیس دانشگاه آزاد اسلامی واحد هنر‌های اسلامی-ایرانی استاد فرشچیان گفت: «تمام این دستگاه‌ها دستاور‌دهای خود را آوردند. برگزیده هنرستان‌های هنر‌های زیبا که زیر نظر وزارت ارشاد بودند را به ما معرفی کردند. از میان هنرستان‌های وزارت ارشاد، میراث فرهنگی و دیگر نهاد‌ها، استعداد‌های برتر را شناسایی و به دانشگاه معرفی کرده‌ایم.» 
او افزود: «جشنواره‌های متعددی مانند دوسالانه نگارگری برگزار شده و هنرمندان برتر این حوزه به ما معرفی شده‌اند. یعنی تلاش کردیم چند روش جذب هنرپژوهان نظام استاد-شاگردی را در این کارگروه عملیاتی کنیم. چون تنها از طریق کنکور نمی‌توانیم به اهدافمان برسیم و نیازمند جذب و شناسایی استعداد‌ها به روش‌های متنوع هستیم.»
یارزاده درباره روش‌های جذب هنرپژوهان در دانشگاه استاد فرشچیان توضیح داد: «ما چندین روش مختلف را در این کارگروه پیش گرفتیم. یکی از این روش‌ها جذب تلنت‌ها بود. روش دوم معرفی برگزیدگان هنرستان‌های هنری به ما بود و روش سوم نیز این بود که هنرمندان دارای نشان درجه یک هنری و مورد تأیید استاد فرشچیان، پنج نفر را با توصیه‌نامه معرفی می‌کردند تا بدون آزمون وارد دانشگاه شوند.» او افزود: «این توصیه‌نامه‌ها به‌صورت دست‌خط استاد فرشچیان بود که اعلام می‌کرد این افراد شاگردان من هستند و می‌توانند در نظام استاد-شاگردی ما بدون آزمون تحصیل کنند.»
رئیس دانشگاه آزادواحد هنر‌های اسلامی-ایرانی استاد فرشچیان گفت: «رسالت این کارگروه جذب هنرپژوهانی است که به شیوه استاد-شاگردی آموزش ببینند و خوشبختانه این روند با همکاری نزدیک با استاد خسروپناه، استاد فرشچیان و استاد طهرانچی پیش می‌رفت و الان  نیز ادامه دارد. این کارگروه با عنوان «نهادینه کردن نظام آموزش استاد-شاگردی در کشور» تشکیل شده است و همه نمایندگان دستگاه‌های مختلف عضو آن هستند.»
یارزاده در پاسخ به سؤالی درباره آخرین وضعیت دانشگاه، گفت: «اکنون هشت رشته تخصصی در دانشگاه استاد فرشچیان داریم که از این میان معماری داخلی سنتی، نگارگری و طراحی فعالیت بیشتری دارند.» او افزود: «نخبگان هنری که دارای نشان درجه یک هنری هستند در این رشته‌ها جذب شده‌اند. این نخبگان در انتخاب شاگردان کمک کرده‌اند و این امر روند جذب را برای ما تسهیل کرده است.»
یارزاده درباره نحوه هدایت هنرجویان در دانشگاه استاد فرشچیان توضیح داد: «برای مثال در حوزه طراحی، استاد فرهادی مسئولیت دارد که با مصاحبه و گردآوری آثار هنرجویان، آن‌ها را به مرحله بالاتر برساند و بگوید هنرجو می‌تواند در گرایش‌های هنری مانند نگارگری، گل و مرغ یا تذهیب، به طور تخصصی در آن رشته ادامه تحصیل دهد.» او تأکید کرد: «هدف اصلی این کار این است که هنرجو به تناسب ظرفیت و استعدادش هدایت شود؛ موضوعی که تاکنون در کشور به صورت نظام‌مند وجود نداشته است. درواقع ما آمایش سرزمینی را در رشته‌های نظام استاد-شاگردی پیاده کردیم.»
یارزاده گفت: «این موضوع را به رئیس‌جمهور و شهید طهرانچی هم گفتم که اگر این آمایش سرزمینی در کل کشور نهادینه شود، دانشگاه استاد فرشچیان به عنوان پایلوت در زمینه هنر سنتی و نظام استاد-شاگردی مطرح خواهد بود. یعنی آمایش سرزمینی در هنر‌های سنتی توسط دانشگاه استاد فرشچیان با شیوه استاد-شاگردی نهادینه شده است. این یعنی سرمایه‌گذاری هدفمند روی استعداد‌های منطقه‌ای که باعث رشد و شکوفایی هنر سنتی کشور می‌شود.» او گفت: «این موفقیت‌ها نتیجه درایت استاد فرشچیان، شهید طهرانچی و حمایت‌های قاطع هیئت امنای دانشگاه است و امیدواریم بتوانیم توصیه‌ها و درس‌گفتار‌های استاد فرشچیان را به خوبی اجرا کنیم.»
یارزاده در ادامه توضیح داد: «استاد فرشچیان در وصیتنامه خود دو پیام مهم داشتند که مخاطب آن ما هستیم. پیام اول مربوط به هنرستان هنر‌های زیبای اصفهان است. استاد تأکید داشتند تشییع ایشان در همان هنرستان برگزار شود. این یعنی اهمیت ویژه‌ای که استاد برای آموزش و جایی که در آن تخصص گرفته بود، قائل بودند. برخلاف برخی که محل تدفین یا یادبود را در تئاترشهر، خانه هنرمندان یا مجموعه‌های گالری مختلف می‌خواستند، ایشان شروع و پایان راه را در هنرستان هنر‌های زیبا دیدند.» یارزاده افزود: «پیام دوم وصیت استاد است؛ ایشان می‌گفتند «من کنار صاحبم آرامیده شوم.» من هر شب با استاد فرشچیان صحبت می‌کردم. ایشان بار‌ها به من تأکید داشتند که ادبیات از هنر جدا نیست. حتی یک شب از من پرسیدند «برای ادبیات بچه‌ها چه کردید؟» و وقتی گفتم دکتر اسماعیل آذر آمده تا درباره مولانا و رودکی کار کند، ایشان تأیید کردند این نشان‌دهنده اهمیت ادبیات در آموزش هنر و نگاه حکمی و عرفانی استاد فرشچیان است.» او ادامه داد: «رسالت دانشگاه این است که مکتب استاد فرشچیان را نهادینه کند؛ یعنی پیام‌های اخلاقی، معرفتی، حکمی و عرفانی استاد. یعنی اگر بتوانیم درس‌گفتار‌های حکمی، اخلاقی و عرفانی ایشان را در دانشگاه پیاده کنیم، می‌توان گفت که این دانشگاه رسالت خود را انجام داده است. 
رئیس دانشگاه آزاد واحد هنر‌های اسلامی-ایرانی استاد فرشچیان در بخش دیگری از سخنان خود با بیان این که ما امسال بیش از ۲۰ دانشجو جذب نخواهیم کرد گفت: «کیفیت برای ما مهم‌تر از کمیت است. حتی در برخی از رشته‌ها میزان جذب شاید کمتر از 5 نفر باشد. البته در شیوه قبلی، در رشته معماری حدود ۱۴۰۰ دانشجو و در رشته‌های دیگر ۳۰۰ تا ۴۰۰ دانشجو داریم که مجموعاً به حدود 1800 دانشجو می‌رسد اما در نظام استاد-شاگردی، به مرحله‌ای می‌رسیم که از این تعداد استاد خودش شاگردان را انتخاب و اجازه فعالیت به آن‌ها می‌دهد. این نهضت استاد-شاگردی شامل صدور اجازه‌نامه‌های ویژه است که شاگردان از استاد خود اجازه فعالیت می‌گیرند. یعنی امضا از استاد می‌گیرند و در نهضت استاد-شاگردی یکی از موارد همین دریافت اجازه‌نامه است.»