با وجود این، میپرسیم آیا علامه دین را از فلسفه جدا و تفکیک میکرد؟ آیا المیزان بهکلی دور از تاثیر فلسفه باقی مانده و آثار فلسفی او مانند «نهایه الحکمه» بهکلی دور از تاثیر وحی قرآنی بوده است؟ بهنظر میرسد که علامه نمیخواسته است فلسفه و وحی قرآنی را کاملا درهم بیامیزد اما درعینحال نمیتوانسته است از هیچکدام دست بردارد. احتمالا علامه بویی از فرق فارق فلسفه یونان و وحی قرآن برده بود اما قادر یا مایل به تمییز دقیق آن دو نبود. علامه همچنان در چارچوب سیطره فلسفه صدرایی میاندیشید و چون ملاصدرا تالیفی برهانی و عقلپسند از کشف و شهود و وحی قرآنی و فلسفه یونانی و کلام و حدیث پدید آورده بود، علامه نمیتوانست یا نمیخواست طور دیگر ببیند و فکر و عمل کند. علامه، مانند کسان کثیری، مفتون و مسحور نفَس ملاصدرا واقع شده بود. احتمالا او به معنا و حقیقت فلسفه یونان و وحی قرآن کمتر میاندیشیده است. مسلما در این باب علامه چند گام از ملاصدرا پیشتر آمده بود با وجود این در مبانی فکری همچنان صدرایی باقی مانده بود. علامه در طول دورههای فکریاش هیچگاه مرحله گذشت از فلسفه نداشته است. البته علامه در زمره کسانی نبود که معتقدند هر امری و چیزی را میتوان با هر امر و چیز دیگری بهراحتی جمع کرد، مثلا میتوان شعر را با فلسفه و این هر دو را با دین و این هر سه را با علم جدید و این هر چهار را با علومانسانی و اجتماعی مدرن درهم آمیخت. علامه از این گروه نبود اما از گروهی هم نبود که با توجه عمیق و دقیق به معنا و تاریخ و حقیقت موضوعات مذکور مصادیق آنها از هم تشخیص و تمییز دهد. اگر علامه بهدرستی متفطن شده بود که شاید بازگشت این فلسفه یونانی بهنوعی متافیزیک و بنیاداندیشی و عقلمداری و بشرانگاری است، قطعا استعداد آن را داشت که از مدخلیت و موضوعیت فلسفه در آموزهها و اندیشههایش آگاه شود و بهعنوان یک عارف وارسته، جور دیگر بیندیشد. علامه از نسل بزرگوار آن دسته از متفکران عالم تشیع است که اصول دین را بهنحو عقلانی تفسیر میکردند اما گاهی این عقلانیت را با مبادی و مبانی فلسفه یونان خلط میکردند. در این باره جمود و تحجر و خشکاندیشی گروهها و افراد مختلف بیتاثیر نبود. در هر صورت، فلسفه علامه بهنحوی از انحا در فلسفه یونان ریشه دارد ولی این متافیزیک، به تعبیر متفکری، هرچند بنیاداندیش است اما هنوز خودبنیاداندیش نیست. احتمالا به همین سبب علامه هنوز در چارچوب سلطه فلسفه ملاصدرا میاندیشد. علامه از سلسله شریف و پاک و متدین آن گروه از عالمان دینی است که اگر واقعا به این نتیجه میرسید که فلسفه مطمح نظرش با دین نمیسازد و با آن تعارض دارد بیتردید فلسفه را به نفع دین کنار مینهاد و گذشت از فلسفه را طرح میکرد.
فلسفه ملاصدرا و علامه هنوز خودبنیاد نیست اما مبری از بذرهای متافیزیک یونان هم نیست. ملاصدرا و علامه نه میتوانستند بهکلی از فلسفه دست بردارند و نه میتوانستند دین را تماما تحت مهار و استیلای فلسفه قرار دهند. آن دو، درحقیقت، فلسفه مطمح نظرشان را مزاحم دین بهشمار نمیآوردند. زیرا اگر کمترین تردیدی در یاری رساندن فلسفه به دین پیدا میکردند فلسفه را رها میکردند. در نظر آن دو، فلسفه خواهر و یاور دین بود و به همین دلیل، هرگز طرح گذشت از فلسفه به فکرشان خطور نمیکرد. درمجموع، باید گفت که فلسفه هر دو بزرگ، در متن دوره تاریخ اخیر ما نبوده و به دور از جریانهای غالب تاریخی اخیر واقع شده است. فلسفه صدرایی منشأ و مبدا تاریخ جدید ما قرار نگرفت و علیالظاهر نمیتوانسته است که قرار بگیرد. این فلسفه فاقد وجوهی از تاریخمندی و زمانمندی است. از همینرو، از آغاز پیداییاش تاکنون، بیرون از تاریخ انضمامی ما زیسته و منشأ اثری در وضع کنونی و فعلیت فرهنگی و اجتماعی و سیاسی ما چندان نبوده است. زیرا اساسا «صورت نوعی» تاریخ دوره اسلامی ما وحی قرآنی بوده نه فلسفه و مابعدالطبیعه یونانی. فلسفه حتی در عصر معروف به «عصر زرین» یا «رنسانس» یا «اومانیسم» اسلامی نیز صورت نوعی نبوده است و همواره تحتالشعاع دیانت، موجودیت داشته است. به همین سبب، کسانی مانند ملاصدرا و علامه، فلسفه را خطری برای دیانت تلقی نمیکردهاند.
قوت و قدرت عظیم و گسترده دیانت هر آن میتوانسته فلسفه را به گوشهای براند و از نقش کمرنگ آن باز هم بکاهد. در زمانه ما، کوشش فلسفی علامه در مواجهه با جریان ایدئولوژیک مادیمسلک در خور ذکر است اما آن یک امر عرضی بود. تاریخ 150 سال اخیر ما در تماس با غرب و فلسفهها و ایدئولوژیهای مختلف غرب تعین یافته و فلسفه علامهطباطبایی از حاشیه این تاریخ میتوانست سخن بگوید.