در متن نامه استعفای دکتر رضا ملک‌زاده آمده بود: «بدین وسیله مراتب استعفای خود از مسئولیت معاونت تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت را به دلایل زیر اعلام می‌دارم: مدیریت بسیار غلط، پرنقص در پاندمی کرونا که به دلیل عدم مشورت و توجه شما به توصیه ها و هشدارهای متخصصان و محققان نظام سلامت، موجب تلفات انسانی بسیار در ایران شده است و در عین حال مدعی درس «مدیریت بحران کرونا» دادن به سایر کشورها هستید.

گفتنی است سعید نمکی وزیر بهداشت با شیروع بحران کرونا مأموریت‌هایی را به رضا ملک‌زاده معاون پیشن تحقیقات وزارت بهداشت داده بود که پس از گذشت چند ماه پاسخی برای آنها دریافت نکرد؛ از همین رو در حکم نجفی به موضوعاتی نظیر عملی شدن علمی، تعیین اولویت‌های پژوهشی، توزیع عادلانه منابع پژوهش و بهر‌ه‌گیری از پژوهشگران با بضاعت علمی، و ارتباط مستمر با پژوهشگران تاکید شده است.

وزیر بهداشت در بخشی از حکم نجفی با گلایه از عدم همکاری معاونت تحقیقات در دوره قبل تاکید کرده است که وی نیز باید توجه ویژه‌ای به دستورالعمل‌های اجرا نشده در دوره قبل داشته باشد.

در بخشی از این حکم با اشاره به عملکرد تیم قبلی درباره کرونا آمده است: بعضی از موارد غیرعالمانه از قبیل عدم ابتلا مجدد، گرفتاری سی میلیون نفر هموطن و ترویج اندیشه ایمنی دسته جمعی از تراوشات آن مجموعه بود که کار را در مدیریت بیماری و اوضاع مدیران ارشد سخت تر کرد.

تلاش کنید تا با انجام‌ تحقیقات و پژوهش‌های مستمر و علمی بیان موارد غیر عالمانه مثل ایمنی دسته‌جمعی عدم ابتلای مجدد بیماران کرونا و ابتلای ۲۵ میلیون نفر به کرونا تکرار نشود.

سعید نمکی در این حکم خطاب به نجفی نوشت:

«مدت‌هاست جهت راه‌گشایی محققان جوان و پرتلاش و تغییر رویکرد در حوزه معاونت تحقیقات و فناوری جست‌وجو کردم تا بتوانم در میان پزشکان و اساتید بالنده، مبتکر، نوآور و خلاق عنصری را بیابم و از وجودش در مسند معاونت تحقیقات و فناوری بهره‌مند شوم. از آن‌جه که اولویت با پژوهشگران صاحب نام جوان در استان‌ها بود، سوابق ارزنده علمی جناب عالی، تعداد پژوهش‌های مسئله محور و ارجاعات متعدد، نسبت به سن و سال و همچنین ضیق منابع و امکانات در یکی از استان‌های محروم کشور یعنی کرمانشاه مرا بر آن داشت تا از جناب عالی در این جایگاه مهم بهره‌مند شویم. لذا به موجب این ابلاغ به عنوان سرپرست معاونت تحقیقات و فناوری منصوب می‌شوید.

اهم انتظارات از جناب عالی به شرح زیر است:

۱. اولویت کنونی کشور مدیریت تمام عیار بیماری کووید ۱۹ است که متاسفانه نظام سلامت، اقتصاد، جامعه و سیاست را در جهان متاثر ساخته و همکاران سخت کوش‌مان در نظام سلامت ماه‌هاست در فشار سنگینی قرار دارند و در این راستا داغ تعداد زیادی از هموطنان و همراهان‌مان را بر دل داریم. سال گذشته در نامه مهم و آنی از معاونت محترم تحقیقات و فناوری درخواست کردم تا با استفاده از ظرفیت بی بدیل دانشگاه‌های علوم پزشکی کشور به جنبه‌های مختلف بیماری که در نامه مذکور قید شده بود بپردازند و اینجانب را به طور مستمر در جریان قرار دهند، متاسفانه تا این لحظه به هیچ‌کدام از این موارد نپرداختند و هرگز مکتوب قابل استنادی که بتوان به عنوان چراغ راه آینده مدیریت بیماری به کار گرفت، ارائه نکردند. بعضی از موارد غیرعالمانه از قبیل عدم ابتلا مجدد، گرفتاری سی میلیون نفر هموطن و ترویج اندیشه ایمنی دسته جمعی از تراوشات آن مجموعه بود که کار را در مدیریت بیماری و اوضاع مدیران ارشد سخت‌تر کرد. پرداختن جناب عالی به مفاد نامه بسیار حائز اهمیت است.

۲. تعیین اولویت‌های پژوهشی در نظام سلامت به خصوص کار بین بخشی به دلیل تاثیر مولفه‌های اجتماعی موثر بر سلامت، تاثیر شیوه زندگی مردم بر شاخص‌های تندرستی، تحقیق در اجزای نظام ارائه دهنده خدمت، HSR و رابطه تنگاتنگ با معاونت‌های محترم ذیربط، پیش بینی ضرورت‌های نظام سلامت مبتنی بر یافته‌های علمی و همچنین بار بیماری‌های آینده و ارائه راه‌کارهای پیشگیرانه جهت پرهیز از تلنبار آنها بر نظام سلامت سال‌های آتی از وظایف گران‌سنگ آن مجموعه است.

۳. گرچه چاپ مقالات ارزشمند می‌تواند یکی از شاخص‌های پیشرفت کشور عزیزمان در عرصه پژوهش جهان باشد و قدردان دانشمندانی هستم که در چاپ مقالات فاخر افتخار آفرینی می‌کنند. مع‌الوصف چاپ مقاله صرفا نمی‌تواند راه‌گشای مشکلات کشور در حال توسعه باشد. پژوهش‌های ما باید بتواند محصولات دیگری هم داشته باشد که با تولید فرآورده‌ای، ارائه شیوه پیشگیری یا بیماریابی سریع‌تر یا راهکاری برای اصلاح نظام ارائه خدمت و افزایش بهره‌وری آن بتوان گره‌ای از گرفتاری‌های کشور گشود. بدیهی است این اندیشه مانع از تحقیقات بنیادین که ممکن است سال‌ها طول بکشد تا به دستاوردی بینجامد نخواهد شد.

۴. توزیع عادلانه منابع پژوهش و بهره‌مندی پژوهشگران با بضاعت علمی در دانشگاه‌های علوم پزشکی و مراکز تحقیقاتی دور دست حتما مورد توجه قرار گیرد.

نباید احساس بی عدالتی، دانشمندان جوان کشور را در دانشگاه‌های مناطق محروم مایوس کند. جناب عالی رنج کشیده فعالیت در یک دانشگاه نسبتا محروم بوده‌اید و می‌دانید که پایتخت نشینی نباید امتیاز بزرگ بهره‌مندی از منابع کلان کشور باشد.

۵. گرچه در بند ۳ ابلاغ ۱۳۹۷/۱۰/۲۹ معاون محترم قبلی نیز ذکر کردم که مراکز تحقیقاتی باید از شیوه مدیریت جزیره‌ای به شبکه تحقیقاتی متصل بدل شوند و بتوانند با تبادل تجربه و حاصل پژوهش با تقسیم وظایف و اولویت‌ها از دوباره کاری بپرهیزند، مع‌الوصف هنوز کارهای موازی و تکراری تحقیقات مشابه با درصدی مختصر تفاوت ادامه دارد.

قطب‌های تحقیقاتی باید بر مسائل مختلف کشور، متمرکز و حمایت شوند و حاصل تحقیقات‌شان جهت طی طریق مناسب به وزیر و دست‌اندرکاران نظام اجرایی کشور ارائه گردد.

۶. ارتباط مستمر با پژوهشگران دانشگاه‌های غیر علوم پزشکی و همچنین مراکز تحقیقاتی خصوصی در داخل و خارج از کشور به خصوص متخصصان هموطنان‌مان در دانشگاه‌های خارج با برنامه ریزی منسجم، اولویت سنجی و استفاده از ظرفیت‌های مادی، معنوی و تخصصی آنها می‌تواند موجب اعتلای کمی و کیفی پژوهش شود.

۷. تمرکز بر شرکت‌های دانش بنیان و استفاده از ظرفیت بی بدیل آنها باید تسریع گردد. در این راستا هرگونه پیشنهاد جهت ارتقای آنها مورد حمایت مقام معظم رهبری، رییس جمهوری و دیگر مسئولان قرار خواهد گرفت.

۸. در مورد ساخت واکسن و داروهای موثر بر کووید ۱۹ اینجانب کمیته‌ای تشکیل داده‌ام که دست آوردهای مطلوبی در عرصه بین المللی بروز خواهد داد. ورود سریع جناب عالی به این امر مهم موجب تسریع خواهد شد.