موضوع ایده دانشگاه و حرکت به سمت نسل سوم و چهارم در کشور را باید یکی از مباحث جدید در نظام آموزش عالی کشور دانست. مساله‌ای که در کنار عدم نیاز کشور به تولید مقاله و لزوم حرکت دانشگاه‌ها به سمت حل مسائل کشور و برقراری ارتباط با صنعت، باعث شده تا نگاه‌های جدیدی به حوزه شیوه تربیت نیروی انسانی در دانشگاه‌ها ایجاد شود.

ملکیان در روایتی که از مراحل فکری خود ارائه می‌کند، گفته از سال ۱۳۶۱ بنا به دلایل و استدلال‌هایی از مواضع بنیادگرایانه فاصله گرفت و به‌سمت مواضع سنت‌گرایانه سوق پیدا کرد و آثار متفکران سنت‌گرایی چون رنه گنون، فریتیوف شووان، تیتوس بورکهارت، مارتین لینگز و البته سیدحسین نصر را خواند.

اگر اسلام بخواهد باقی بماند باید جهان‌بینی و علومی مطابق خود درست کند نه اینکه علم و تمدن دیگر را اخذ کند.