نیمهشب 11 اردیبهشت 58 آیتالله مرتضی مطهری توسط گروهک فرقان ترور شد و به شهادت رسید. روزنامه اطلاعات در گزارش 12 اردیبهشت 58 در اینباره مینویسد: «یک ساعت بعد از نیمهشب دیشب، ناشناسی که ادعا میکرد، از سوی گروه فرقان سخن میگوید، تلفنی به اطلاعات اطلاع داد گروه فرقان، مسئول ترور استاد مطهری است. این شخص که از استاد مطهری، به نام رئیس شورای انقلاب نام میبرد، گفت: ما مطهری رئیس شورای انقلاب را کشتیم و گروه فرقان در نظر دارد در آینده نیز چند تن از شخصیتهای سیاسی و مذهبی را ترور کند... ساعت حدود 40:22 شب گذشته، هنگامی که استاد مرتضی مطهری، از منزل دکتر سحابی در خیابان فخرآباد، خارج میشد، از فاصله بین دو تا سه متری از ناحیه سر، هدف گلوله قرار گرفت و نقش بر زمین شد. لحظاتی بعد از شلیک گلوله، یک اتومبیل پیکاناستیشن سفیدرنگ که به نظر میرسید مهاجمان از آن استفاده میکردهاند، به سرعت محل حادثه را در ادامه خیابان فخرآباد به سمت شرق تهران ترک کرد. وقتی استاد مطهری از خانه دکتر سحابی خارج میشد، مهندس کتیرایی، وزیر مسکن و شهرسازی همراه وی بود و ظاهرا او دیده است که چگونه به طرف استاد مطهری شلیک شده است. مهاجمانی که هنوز تعداد آنان به درستی مشخص نشده ولی گفته میشود سهنفر بودهاند، پیش از این، خانه دکتر سحابی را شناسایی کرده بودند و ظاهرا یکی از آنها که عامل اصلی ترور بوده پشت دیوار خانه کمین کرده است. این شخص پس از شلیک یک تیر که از پشت سر (ناحیه زیر گوش) به استاد مطهری اصابت کرد، به سرعت خود را به اتومبیل که آن سوی خیابان قرار داشت، رساند و با اتومبیل از محل حادثه دور شد. استاد مطهری، بیدرنگ به وسیله اطرافیان به بیمارستان طرفه انتقال یافت و چون حالش وخیم بود، تحت شوک الکتریکی قرار گرفت. اما متاسفانه، مداوا اثری نبخشید... نحوه ساختمان منزل دکتر سحابی، طوری است که بدون شناسایی قبلی ساختمان پیاده کردن چنین برنامهای امکان ندارد. به همین لحاظ نزدیکان حادثه، معتقدند قاتل، نهتنها از وضعیت خانه اطلاع دقیقی داشته بلکه میدانسته است که عدهای از شخصیتهای سیاسی و مذهبی در خانه دکتر سحابی هستند.»مهندس کتیرایی که در منزل دکتر سحابی بود و از نزدیک چگونگی ترور را دیده است، به «اطلاعات» میگوید: «من به اتفاق چند نفر از خانه دکتر سحابی، بیرون آمدیم. آقای مطهری حدود 10،15 قدم، از ما جلوتر بود. او منتظر رسیدن اتومبیل یکی از همراهان ما بود تا او را به خانه برساند. در همین هنگام جوانی، در تاریکی به آقای مطهری نزدیک شده و بیدرنگ به سویش شلیک کرد. گلوله به سر ایشان خورد. جوان پس از شلیک یک تیر، چابک و فرز، در تاریکی از کوچه جنب خانه دکتر سحابی، فرار کرد. معلوم نشد بعدا با اتومبیل از محل دور شده یا بیاتومبیل. مطهری هرگز احساس خطر نمیکرد و بدون محافظ بود. او با آنکه از ابتدا در متن مبارزه بود ولی چون از این جهت سعی میکرد ناشناخته بماند، معلوم نیست جوان ترورکننده او از کجا اطلاع یافته که وی در متن مبارزه بوده است.»«اطلاعات» به نقل از رئیس ستاد عملیات پاسداران خیابان هدایت تهران مینویسد: «تروریستی که استاد مطهری را هدف گلوله قرار داد، پیش از آنکه گلوله را شلیک کند، استاد را به نام صدا زده و قبل از آنکه استاد مطهری به طرف صدا سر برگرداند، شلیک کرده است.»مجتبی مطهری، فرزند آیتالله مطهری در گفتوگو با «اطلاعات» میگوید: «صبح روز گذشته یکی از پاسداران جلوی منزل ما به من گفت چند نفر ناشناس را دیده که از روی پشتبام منزلی که روبهروی خانه ما است مراقب رفتوآمدهای ما هستند. یک شب قبل از حادثه وقتی که این پاسدار برای دومینبار چند ناشناس را میبیند به سراغشان میرود که از آنها بازجویی کند ولی آنها به سرعت فرار میکنند.»علی لاریجانی، داماد استاد مطهری نیز در همین رابطه به «اطلاعات» میگوید: «شب حادثه وقتی من به منزل آقای سحابی رسیدم، پاسداران تعدادی اعلامیه از گروه فرقان پیدا کردند که این گروه در متن اعلامیه خود نوشته بودند: اعدام انقلابی مرتضی مطهری به دست گروه فرقان و سپس مقداری بدگویی نسبت به ایشان کرده بودند.»