برنامه «حضور» به مناسبت هفته قوه قضائیه، در حسینیه جماران میزبان «آیت‌الله سیدجعفر شبیری زنجانی» بود.آیت الله سید جعفر شبیری زنجانی در برنامه «حضور»: آقای خلخالی هم یک کارهای مثبتی انجام داد، ولی اعدام‌هایی انجام داد که امام او را هم کنار گذاشتند، ولی کارهای اولیه‌ای که انجام داد، انصافاً کار او بود که توانست انجام بدهد، ولی یک مقدار در یکی از جریانات امام متوجه شدند تعدادی افراد بی‌حساب اعدام شدند و به همین دلیل او را کنار گذاشتند.

آیت‌الله شبیری زنجانی با اشاره به دیدگاه‌های امام روح‌الله در خصوص جایگاه قوه قضائیه اظهار داشت: نظر اصلی امام این بود که اگر قوة قضائیه قدرت پیدا کند، همه چیز قوی می‌شود و دو قوة دیگر نیز قوی می‌شوند. ولی متأسفانه قوة قضائیه خیلی ضعیف شده است. از زمان آیت‌الله یزدی در عین حال که هم آیت‌الله یزدی چه از جهت تقوا و چه از جهت علم خیلی خوب بود، ایشان، چون از خارج از قوه آمده بود و آشنایی نداشتند، مشکلاتی را برای قوه ایجاد کرد. آقای شاهرودی هم که آمدند با آن علم بالایی که داشت، بر مشکلات اینجا افزود.

آیت‌الله شبیری زنجانی خاطرنشان کرد: اول انقلاب کار قضایی را که عهده‌دار شد، یک دفتردار را به اتهام لواط اعدام کرد درحالی که هیچ مدرک شرعی در پرونده نبود. بعد شنیدم وقتی که گفتند به چه عنوانی اعدام کردید؟ گفت بر من علم حاصل شده. شنیدم آن دفتردار را وقتی آوردند اعدام کنند همانجا گفت خدایا شاهد باش من دارم بی‌گناه اعدام می‌شوم و اعدام شد. امام متوجه شدند که بی‌حساب کار می‌کند و او را کنار گذاشتند. وقتی امام او را کنار گذاشتند او در مقابل امام قرار گرفت که بعدها از ایران رفت.

آیت‌الله شبیری زنجانی در خصوص جوسازی‌ها در مورد اعدام‌های سال ۶۷ علی‌رغم رأفت حضرت امام نسبت به برخی محکومان از جرگه منافقین نیز تصریح کرد: اعدام‌های سال ۶۷ مربوط به روزی بود که منافقین بعد از پذیرش قطعنامه تصمیم به حمله داشتند و تصور می‌کردند که حالا دیگر می‌آیند و تصرف می‌کنند. آن روز آماده شده بودند که بیرون بریزند که لو می‌روند و باعث شد که هم علیه نظام و هم علیه آقای لاجوردی دیدشان بد بشود.