درپی درگذشت آیت‌الله صافی‌گلپایگانی، رهبر معظم انقلاب، رئیس‌جمهور و چهره‌های متعدد دینی، سیاسی و علمی کشور در پیام‌هایی، فقدان این مرجع تقلید بزرگ شیعه را به مقلدان، شاگردان و عموم امت اسلامی تسلیت گفتند.
رهبر معظم انقلاب در پیامی، آیت‌الله صافی‌گلپایگانی را «از استوانه‌های حوزه علمیه قم» و همینطور «از برجستگان علمی و عملی» برشمردند و با اشاره به خدمات ایشان، این عالم برجسته را امین و مورد اعتماد امام‌خمینی(ره) عنوان کردند.
متن پیام رهبر انقلاب، به‌شرح زیر است:
با تاسف خبر درگذشت فقیه عالی‌مقام و مرجع بصیر، حضرت آیت‌الله آقای حاج‌شیخ لطف‌الله صافی‌گلپایگانی رضوان‌الله علیه را دریافت کردم. ایشان از استوانه‌های حوزه علمیه قم و از برجستگان علمی و عملی و پرسابقه‌ترین عالم دینی در آن حوزه مبارک بودند. در دوران مرحوم آیت‌الله بروجردی در شمار برترین تلامذه آن استاد بزرگ، در زمان مرحوم آیت‌الله سیدمحمدرضا گلپایگانی همراه و مشاور علمی و عملی ایشان و در دوران انقلاب، امین و مورد اعتماد حضرت امام‌خمینی رحمت‌الله علیهم به‌شمار می‌رفتند. سال‌ها در شورای نگهبان رکن اصلی آن شورا محسوب می‌شدند و پس از آن هم همواره درباره مسائل انقلاب و کشور، دلسوزانه و مسئولانه ورود می‌کردند و بارها اینجانب را از نظرات و مشورت‌های خود مطلع و بهره‌مند می‌ساختند. قریحه شعری، حافظه تاریخی و پرداختن به مسائل اجتماعی از دیگر ابعاد شخصیت این عالم کهنسال و بزرگوار بود. رحلت ایشان برای جامعه علمیِ دینیِ کشور مایه تأسف است. اینجانب به خاندان مکرم و فرزندان گرامی ایشان و نیز به مراجع معظم و علمای اعلام حوزه علمیه و مقلدان و ارادتمندان ایشان به‌ویژه در قم و گلپایگان تسلیت عرض می‌کنم و رحمت و مغفرت الهی را برای ایشان مسألت می‌نمایم.
سیدابراهیم رئیسی، رئیس‌جمهور نیز در پیام تسلیت خود به این مناسبت، با اشاره به بینش عمیق دینی و زهد آیت‌الله صافی‌گلپایگانی، آثار ماندگار این مرجع تقلید برجسته شیعه را الهام‌بخش طلاب و فضلای حوزه‌های علمیه عنوان کرد.
متن پیام رئیس‌جمهور به‌شرح زیر است:
إِذَا مَاتَ الْعَالِمُ ثُلِمَ فِی‌الْإِسْلَامِ ثُلْمَةً لَایَسُدُّهَا شَیْءٌ.
ارتحال مرجع عالیقدر شیعیان، حضرت آیت‌الله‌العظمی صافی‌گلپایگانی(طاب‌ثراه)، موجب تأثر و اندوه فراوان گردید.
این عالم ربانی که از شاگردان مبرز آیات عظام بروجردی، حجت و گلپایگانی بوده و پس از انقلاب اسلامی عضو مجلس خبرگان قانون اساسی و مدتی مسئولیت خطیر دبیری شورای نگهبان را برعهده داشت، با بینش عمیق دینی، زهد و ساده‌زیستی و قلبی سرشار از عشق به اسلام و اهل‌بیت(ع)، به‌ویژه حضرت ولی‌عصر(عج) عمر گرانمایه خود را وقف مجاهدت در مسیر گسترش معارف اسلامی و نظام اسلامی نمود.
این مرجع والامقام همزمان با تلاش در پاسداری از ارزش‌های دینی و تألیف آثار ارزشمند فراوان و تربیت شاگردان، در سنگر مبارزات انقلابی نیز حضوری فعال داشت. به‌یقین آثار ماندگار و سلوک معنوی ایشان همواره الهام‌بخش و چراغی فراروی طلاب و فضلا و حوزه‌های علمیه خواهد بود.
اینجانب این ضایعه بزرگ را محضر مقدس حضرت بقیه‌الله الاعظم(عج)، مقام‌معظم‌رهبری(مدظله‌العالی)، حوزه‌های علمیه، بیت شریف و عموم مقلدان و شاگردان و دوستداران ایشان تسلیت عرض نموده و از پیشگاه خداوند متعال برای روح مطهر آن عالم وارسته، علوّ درجات و همجواری با ائمه اطهار(ع) مسألت دارم.
دکتر علی‌اکبر ولایتی، مشاور رهبر معظم انقلاب در امور بین‌الملل، در پیام خود، آیت‌الله صافی‌گلپایگانی را در پیامی، فقیه ربانی و شخصیت متواضع و انقلابی عنوان کرد و ایشان را یار امام و رهبری و مدافع اهداف ارزشمند انقلاب و اسلام دانست.
متن پیام دکتر ولایتی به‌شرح زیر است:
الَّذِینَ تَتَوَفَّاهُمُ الْمَلَائِکَةُ طَیِّبِینَ * یَقُولُونَ سَلَامٌ عَلَیْکُمُ ادْخُلُوا الْجَنَّةَ بِمَاکُنْتُمْ تَعْمَلُونَ
عروج ملکوتی مرجع عالیقدر و شخصیت برجسته و عالم جهان اسلام، حضرت آیت‌الله‌العظمی حاج شیخ لطف‌الله صافی‌گلپایگانی، موجب تاسف و تالم گردید.
تلاش‌های بی‌نظیر، مبارک و پرافتخار این مرجع عالیقدر که عمر شریف و پربرکت خویش را در راه اعتلای نام بلند اسلام و اهل‌بیت عصمت و طهارت علیهم‌السلام، تبیین ارزش‌ها و آموزه‌های دینی و اسلامی به‌کار گرفت، همواره چراغ راه روشن این مسیر بوده و هست.
ایشان یار امام و رهبری و همواره مدافع ارزش‌ها و اهداف ارزشمند انقلاب و اسلام بودند.
اینجانب رحلت جانسوز آن فقیه ربانی و شخصیت متواضع و انقلابی را به محضر ولی‌الله‌الاعظم عجل‌الله تعالی فرجه الشریف، رهبر معظم انقلاب، مراجع معظم، حوزه‌های علمیه، علاقه‌مندان، شاگردان و بیت معظم تسلیت عرض نموده، از درگاه خداوند متعال، غفران الهی مسألت می‌نمایم .
دکتر محمدمهدی طهرانچی، رئیس دانشگاه آزاد اسلامی نیز با اشاره به خدمات ارزشمند این عالم وارسته در راه نشر معارف ناب محمدی، شاگردان برجسته آیت‌الله صافی‌گلپایگانی را، منشأ خیر و برکت سرشار برای جامعه اسلامی قلمداد کرد.
متن پیام دکتر طهرانچی به‌شرح زیر است:
إذا مات العالم، ثلم فی‌الاسلام ثلمه لایسدها شئی الی یوم‌القیامه
رحلت جانگداز مرجع عالیقدر تقلید، عالم ربانی و فقیه اهل‌البیت(علیهم‌السلام) حضرت آیت‌الله‌العظمی صافی‌گلپایگانی موجب تاثر و تالم گردید.
حضرت آیت‌الله‌العظمی صافی‌گلپایگانی(رحمه‌الله‌علیه) بیش از ۹۰ سال از عمر گرانمایه خویش را صرف تعلیم و تربیت طلاب و فضلای حوزه علمیه و نشر معارف ناب‌محمدی (صلوات‌الله‌علیه‌وآله) کرده و در این راه خدمات ارزشمند و شاگردان برجسته‌ای را به یادگار گذاشتند؛ که یقینا برای آن مرجع جلیل‌القدر باقیات‌الصالحات و برای جامعه اسلامی، منشأ خیر و برکت سرشار و فراوانی خواهد بود.
این مرجع بزرگ با عضویت در شورای نگهبان، همراهی‌ها و همدلی‌های فراوانی در سال‌های اولیه استقرار نظام مقدس جمهوری اسلامی از خود نشان دادند و همواره درطول سال‌های تصدی مرجعیت، از ابراز حمایت‌ها و نصیحت‌ها و دلسوزی‌ها برای دانشگاهیان و جامعه دانشگاهی کشور و لزوم تعالی علمی و معرفتی کشور، دریغ نفرمودند.
اینجانب به نمایندگی از خانواده بزرگ دانشگاه آزاد اسلامی متشکل از اساتید، اعضای هیات‌های علمی و کارکنان دانشجویان، این ضایعه جبران‌ناپذیر را به پیشگاه مقدس حضرت بقیه‌الله‌الاعظم (عجل‌الله‌تعالی‌فرجه‌الشریف) و حوزه‌های مبارکه علمیه، رهبرمعظم انقلاب اسلامی (حفظه‌الله)، مراجع معظم تقلید و مردم شریف ایران و جامعه دانشگاهی کشور تسلیت گفته و برای آن مرجع عالیقدر، رحمت و مغفرت الهی و برای بازماندگان صبر و اجر عظیم از درگاه خداوند متعال درخواست می‌نمایم.