قاسم ابراهیمی‌پور، عضو هیات‌علمی گروه جامعه‌شناسی موسسه امام خمینی(ره): آیت‌الله مصباح به‌مثابه یک کنشگر فعال و پویا در عرصه نهاد علم، به تأسیس موسسه در راه حق، بنیاد باقرالعلوم(ع)، مدرسه و... در راستای دستیابی به هدف اسلامی‌سازی علوم انسانی، پرداخت. امری مهم که تاکنون در حرکت‌های اجتماعی و کنشگری وی مورد غفلت واقع شده است. با توجه به بررسی حرکت اجتماعی آیت‌الله مصباح در سطح نهاد علم و تربیت نیروی فکری، به نظر می‌رسد او در گام نخست کوشید ضمن توجه به تقدم مبانی معرفتی بر مبانی غیرمعرفتی، اقدام به تدریس مجموعه «معارف قرآن» کرده تا طلبه‌های علوم دینی، مجهز به مبانی نظری و متناسب با علوم روز تربیت شوند.
استاد مصباح در گام بعد به شناسایی افرادی پرداخت که در زمینه علوم انسانی از استعداد کافی و لازم برخوردار بودند و می‌توانستند با حفظ مبانی، خلأ شناخت علوم غربی را جبران کنند. در همین راستا نیز برخی شاگردان ایشان راهی غرب شدند تا علوم انسانی را از نزدیک بیاموزند.
نکته جالب‌توجهی که در حرکت علمی استاد مصباح بسیار مهم است، ورود جزئی ایشان به نظریه‌ها و تحلیل نظریه‌های علوم انسانی است؛ تا آنجا که می‌تواند این رویکرد را وجه تمایز ایشان از امثال مرحوم آیت‌الله مهدوی‌کنی، آیت‌الله اردبیلی، سید منیرالدین و حتی آیت‌الله جوادی دانست. استاد مصباح در تعامل با شاگردان علوم‌انسانی‌خوانده خود و به جهت تدریس برای آنها، ناچار به ورود تخصصی در حوزه نظریه‌های علوم انسانی بودند. به‌عنوان نمونه از دورکیم، اسپنسر، مارکس، هابز و دیگر اندیشمندان مرتبط با عرصه‌های مدیریت، اقتصاد، حقوق و... سخن به میان می‌آورند و به نقد و بررسی آنها در آثارشان می‌پردازند. البته این بررسی به‌صورت کلی‌گویانه رخ نداده و توضیح، تبیین و نقد جزئی و تخصصی آرای اندیشمندان و صاحب‌نظران در آثار او منعکس شده است.
به‌طور مثال با نگاهی به کتاب «جامعه و تاریخ در قرآن»، تفاوت رویکرد آیت‌الله مصباح با آثار شهیدصدر، آیت‌الله جوادی و استاد مطهری در ورود جزئی و تفصیلی به نقد و بررسی مسائل علوم اجتماعی روشن خواهد شد. علاوه‌بر کتاب جامعه و تاریخ، در دیگر آثار نیز استاد مصباح درباره تدوین علوم انسانی مبتنی‌بر مبانی علم دینی، ورود کرده و بر مدار همان الگو پیش رفته است.
از سوی دیگر به نظر می‌رسد استاد مصباح در قبال مواجهه علم سنتی و اسلامی موجود در ایران یعنی حوزه و ساختار علمی رسمی یعنی نظام دانشگاهی، در یک اقدام عملیاتی تلاش کرده با تاسیس موسسه امام خمینی(ره) این دو نهاد را در یک ساختار علمی به‌صورت پایلوت نشان دهد. از آنجا که کارکرد علم به‌طورکلی معرفت‌بخشی، نظام‌سازی و پاسخ‌گویی به مسائل است و علم تلاش می‌کند فرهنگ را تعالی بخشد، لازم است به تناسب اختلاف موضوعات، به ابعاد مختلفی تقسیم شود.
بی‌مصرف‌ترین تقسیم‌ها در طول تاریخ علوم اسلامی از این جهت که ترابط علوم را درنظر نمی‌گیرند، تقسیم علم به شرعی و غیرشرعی و عقلی و نقلی است و به‌تازگی نیز تقسیم علوم به حوزوی و دانشگاهی است. تقسیمی که نه در آثار علمی و نه در عمل، امکان یکپارچگی علم و فرهنگ را فراهم نمی‌کند و به ولنگاری علمی و فرهنگی دامن می‌زند. ازاین‌رو مشاهده می‌کنیم که نسبت علوم اسلامی همچون عرفان، فلسفه، فقه و... که در حوزه‌های علمیه از آنها گفت‌وگو می‌شود، با علوم جدید که در دانشگاه از آنها سخن به میان میآید، مشخص نیست. بالاخره کدام‌یک قرار است جامعه را تدبیر یا اداره کنند؟ به هیچ‌وجه نمی‌توان با تقسیم کار میان علوم مدرن و علوم سنتی جامعه را اداره کرد، بلکه باید علوم بتوانند در یک ترابط، به کشف و پاسخ‌گویی به مسائل بپردازند تا جامعه دچار ولنگاری علمی و فرهنگی نشود.
با این توضیح آیت‌الله مصباح این حرکت را در یک اقدام عملی و به دور از فضای نظری صرف، پاسخ گفت. هرچند ارزش چنین اقدامی در طول تاریخ و پس از عبور از حجاب معاصرت امکان‌پذیر خواهد بود. البته این بدان معنا نیست که نقد و نظری درباره این حرکت عملیاتی وجود ندارد یا حتی نباید باشد، اما این راهبرد و درپیش گرفتن این مسیر، به نظر مهم‌ترین نکته‌ای است که باید موردتوجه قرار گیرد و هرچه بر این پدیده اجتماعی و عملیاتی زمان بگذرد، آثار و کارکردهای روشن‌تر و مدون‌تری از آن ظهور می‌کند.
آنچه لازم است در رویکرد ایجابی استاد مصباح در مواجهه با صورت‌بندی ناکارآمد علم مورد پرسش و تأمل قرار گیرد این است که چگونه این طبقهبندی آموزشی صورت‌بندی و تدوین شده است و فارغ‌التحصیلان موسسه ایشان، چه ویژگی‌های علمی در علوم انسانی پیدا کرده‌اند و حوزه و دانشگاه را تحت‌عنوان چه الگویی به یکدیگر پیوند داده‌اند؟ این پدیده‌ای است که ظرفیت تولید چندین رساله و پایان‌نامه را دارد. اجمالا پروژه عملیاتی آیت‌الله مصباح، یک گام در راستای وحدت حوزه و دانشگاه تبیین می‌شود. وحدت واقعی را باید این‌گونه آغاز کرد. به‌طور مثال نمی‌توانیم بگوییم اقتصاد را به دانشگاه بسپاریم و حوزه را متکفل فرهنگ بدانیم. این موجبات تذبذب فرهنگ و اقتصاد را فراهم کرده و تعارض‌های بسیاری را در سطح جامعه ایجاد می‌کند. بنابراین ایده اصلی وحدت حوزه و دانشگاه به‌گونه‌ای دیگر بازتعریف می‌شود و آن اینکه یک دستگاه علمی منسجم باید به تدبیر و اداره جامعه و مملکت بپردازد.
یکی دیگر از شواهد چالش‌برانگیز صورت‌بندی فعلی علم و نهاد علم، وضعیت علم پزشکی است که بسیار آسیب‌زاست. امروزه پزشکی هیچ ترابطی با سایر علوم دیگر ندارد؛ چراکه تصور بر این است که پزشکی به‌مثابه تشخیص بیماری است و این ارتباطی با اخلاق و فلسفه و... نخواهد داشت. این درحالی است که ابن‌سینا به‌مثابه یک فیلسوف- طبیب ذیل یک نظام آموزشی و علمی به بررسی مسائل می‌پرداخته است. خروجی چنین پزشکی و طبی- چه به‌صورت خودآگاه و چه به‌صورت ناخودآگاه- مسیر بومی شدن را پی گرفته و حداقل متناسب با فرهنگ بومی زمانه خود عمل کرده است.
از این منظر می‌توان گفت که وحدت حوزه و دانشگاه با تفسیر نادرستی همراه شده و گاه به جابه‌جایی استادان از حوزه به دانشگاه یا برعکس، یا تحصیل طلاب در دانشگاه و دانشجویان در حوزه تنزل یافته و نام «وحدت حوزه و دانشگاه» به خود گرفته است. وحدت حوزه و دانشگاه ذیل ترابط علوم معنادار است. مدارس نظامیه که در تاریخ اسلام بیشترین افتخار را در کتاب‌ها و تمدن‌ها داراست، از حیث ترابط علوم، ناکارآمدترین پدیده به شمار میآید. چون طبقهبندی علم حاکم بر مدارس نظامیه، بر مدار نگاه غزالی و تقسیم علوم به شرعی و غیرشرعی بود که رکود بسیاری از علوم را در پی داشته است. همین مسیر تشویش طبقهبندی را می‌توان در مسأله عدم ترابط علوم در میان حوزه و دانشگاه مشاهده کرد. درواقع چالش حوزه و دانشگاه، چالش یکپارچگی و طبقهبندی علوم است. استاد مصباح تلاش کردند با غلبه بر این دوگانگی یا چندگانگی، تا حدی این مسیر را هموار کنند. تجربه تاریخی تعاملات آیت‌الله مصباح با استادان دانشگاه ایشان را به این صرافت انداخت که با اصلاح بنیادین ساختار آموزشی طلاب مسلط به علوم مختلف تربیت کند. آیت‌الله مصباح نهالی را در مسیر تندباد کاشت که نه نظام حوزه و نه نظام دانشگاه، آن را موردتوجه قرار نمی‌داد و او راه دیگری جز تأسیس یک ساختار آموزشی با رویکردی جدید و جامع در حاشیه دو نهاد علم منفک‌شده از یکدیگر نداشت. ممکن است گفته شود اقدامات آیت‌الله مصباح به حاشیه رفت ولی باید توجه داشت که تاریخ قدر و اندازه این موارد را نشان می‌دهد و ظرفیت‌های این حرکت را نمایان می‌سازد. از زمان تاسیس دارالفنون و بعد تاسیس نهادهای رسمی علم جدید در ایران، تندبادی علیه سنت و علم دینی راه‌اندازی شد که علوم معقول و منقول را در گوشه‌ای گذاشت و به ویترینی برای فهم سنت تبدیل کرد و آیت‌الله مصباح در وسط این حرکت سهمگین و در غفلت نظام علمی حوزه، این نگاه جدید را پایه‌گذاری کرد.