احمدحسین شریفی، دبیر مجمع عالی علوم انسانی اسلامی: آیت‌الله مصباح یزدی همچون بسیاری از اندیشمندان اسلامی و حتی پاره‌ای از اندیشمندان غربی، به علوم‌انسانی موجود نقد داشتند و این علوم را نارسا و گرفتار کاستی‌های بی‌شمار می‌دانستند و معتقد بودند علوم‌انسانی کنونی در شناخت حقایق مربوط به انسان، ناتوان است. علامه مصباح به مناسبت‌های مختلف در اطراف نقص‌ها و ضعف‌های علوم‌انسانی موجود سخن می‌گفتند. ایشان روش حاکم بر علوم‌انسانی غربی را روشی نارسا در دستیابی به مراد و مقصود می‌دانستند. توضیح آنکه روش حاکم بر علوم‌انسانی موجود (یعنی روش تجربیِ کمّی، روش تجربی کیفی و روش تجربی تلفیقی) را در تحلیل و تبیین پدیده‌ها و کنش‌های انسانی ناکارآمد می‌شمردند؛ البته معتقد بودند غربی‌ها تاحدود بسیاری حق روش تجربی را ادا کرده و تلاش‌های گسترده‌ای در بهره‌گیری از این روش داشته‌اند. به همین دلیل، ایشان علوم‌انسانی موجود را به‌طور کلی کنار نمی‌زدند، ولی آن را پرنقص و نیازمند اصلاح و بلکه تغییر می‌دانستند. همچنین تأکید می‌کردند علوم‌انسانی موجود مبتنی‌بر مبانی و اصول متافیزیکی نادرست است. برای نمونه، اصل امکان تصادف یا صدفه یکی از اصول بنیادین اندیشه داروینی است، درحالی‌که براساس فلسفه اسلامی، بطلان اصل تصادف، امری واضح و مبرهن است. درنتیجه وقتی این اصل و پایه تفکر داروینی را از او بگیریم و باطل کنیم، شالوده نظریه تکامل داروین فرومی‌ریزد و به نتیجه نمی‌رسد، زیرا روشن است که اگر نظریه‌ای مبتنی‌بر مبنایی نادرست باشد، با ابطال مبنا، آن نظریه هم باطل می‌شود. علامه مصباح یزدی(ره) معتقد بودند بسیاری از توصیه‌های علوم‌انسانی کنونی با ارزش‌های اسلامی، ناهمخوان، ناسازگار و در تهافتند. توضیح آنکه ایشان علوم‌انسانی را به دو بخش تقسیم می‌کردند: علوم‌انسانی توصیفی و علوم‌انسانی توصیه‌ای. پاره‌ای از مبانی علوم‌انسانی توصیفی را در تعارض با مبانی اسلامی می‌دانستند و البته تعارض علوم‌انسانی توصیه‌ای با ارزش‌های اسلامی را بسیار بیشتر و پررنگ‌تر می‌شمردند.
ایشان برای اسلامی‌سازی علوم‌انسانی انجام سه کار عمده را به‌صورت همزمان لازم می‌دانستند و خود نیز در حد توان به انجام آنها همت داشتند:
1. در سطح معرفتی و بینشی، تبیین امکان تولید علم دینی، ضرورت آن و چگونگی آن را لازم می‌دانستند.
2. در سطح تربیتی، بر تربیت معرفتی و اخلاقی کنشگرایان علم تأکید داشتند؛ یعنی معتقد بودند تحول‌گرایی باید در میان استادان و دانشجویان و متون درسی و مراکز مربوط به علوم‌انسانی رخ دهد. ایشان برای این‌کار نیز برنامه‌هایی داشتند؛ هم برنامه تحول اخلاقی و معرفتی برای استادان و دانشجویان و هم برنامه تغییر و تحول در متون درسی.
3. بر ایجاد تحول در ساختارها، نظامات و برنامه‌های رسمی آموزشی در حوزه علوم‌انسانی تأکید داشتند.
مناسب است توضیحی اجمالی درباره هرکدام از این سه برنامه تحولی علامه مصباح یزدی بیان کنیم. ایشان بعد از اثبات امکان و ضرورت علم دینی و اسلامی‌سازی علوم‌انسانی، سه گام مهم را برای اسلامی‌سازی علوم‌انسانی برمی‌شمردند:
گام نخست که بسیار بر آن تأکید داشتند، نقد علوم‌انسانی موجود است. لازمه این نقد، آن است که آنها را بشناسیم و در مرز دانش‌های مربوطه باشیم؛ چراکه نمی‌توان از بیرون گود فقط به ناکارآمدی آنها اشاره کرد.
در گام دوم باید مبانی معقول و موجه علوم‌انسانی تبیین شود؛ یعنی در تولید فلسفه علوم‌انسانی اسلامی باید نگاه ایجابی داشته باشیم. عالمان دینی باید متکفل این مهم شوند و مبانی معقول، موجه و صحیحِ علوم‌انسانی را براساس فکر، فلسفه و معرفت‌شناسیِ اسلامی تولید کنند. در این‌باره نمی‌توان از دیگران انتظار داشت.
گام سوم تولید فلسفه و علم موردنظر است. علامه مصباح‌یزدی در این‌باره معتقد بودند که در تک‌تک علوم‌انسانی لازم است با تکیه بر بنیان‌های فکر اسلامی، فلسفه مضاف به آنها تبیین و تدوین شود و البته می‌فرمودند روان‌شناسی، اقتصاد و جامعه‌شناسی اولویت‌های نخست هستند، زیرا اینها علوم‌انسانی مادر هستند و بقیه علوم‌انسانی به یک معنا پیرو اینها هستند. به‌هرحال، باید فلسفه این سه علم (روان‌شناسی، اقتصاد و جامعه‌شناسی) تولید شود. سپس باید فلسفه مضاف علوم‌انسانی پیرو، مثل علوم سیاسی، مدیریت، تعلیم و تربیت، حقوق و اخلاق تولید شود که محصول این کار، تولید نظریه‌ای اسلامی است.
خلاصه آنکه در سطح معرفتی، ایشان سه کار عمده انجام می‌دادند:
1. تبیین امکانِ اسلامی‌سازی علوم‌انسانی
2. ضرورت اسلامی‌سازی این علوم
3. چگونگی اسلامی‌سازی علوم‌انسانی
در بُعد تحول در کنشگران نیز ایشان دو کار مهم را لازم می‌دانستند:
1. تحولات معرفتی در کنشگران (استادان، دانشجویان و مدیران حوزه علم)؛ ایشان بر تقویت و شناخت مبانیِ فکری تأکید می‌کردند و برای رسیدن به این مقصود، هم مبانی پنج‌گانه را درس می‌گفتند، هم درباره آنها و براساس آنها کتاب‌های متعددی را تدوین کردند و هم دوره «طرح ولایت» را بنیان گذاشتند. علامه مصباح یزدی، تحول معرفتی را برای همه کنشگران حوزه علم نه‌تنها لازم که آن را پایه و ریشه هرگونه تحول پایدار و مستحکمی می‌دانستند.
2. تأکید بر اخلاقِ پژوهش و اخلاق علم؛ برای ایجاد تحول در علوم‌انسانی افزون بر بردباری و همت‌های بلند، باید نگاه واقع‌بینانه و همچنین قدرت و شهامت علمی داشت؛ چراکه همه این امور برای رو‌در‌رو شدن با جریان قدرتمند و پر زور علوم‌انسانی غربی از ضرورت‌ها است.
ایشان کار متقن علمی و فرهنگی را زمان‌بر می‌دانستند و از عجله کردن برای رسیدن به هدف پرهیز می‌دادند. درباره اخلاق فردی نیز بر اخلاص، توکل و به‌طور ویژه نیت پاک تأکید داشتند و می‌فرمودند: شما مخلصانه برای خدا باشید، خداوند کمک می‌کند.
در بعد تحولات ساختاری، ایشان جزء نخستین کسانی بود که در حوزه علمیه قم، بلکه در تاریخ حوزه‌های علمیه شیعه در چند سده اخیر، دوره‌های بلند‌مدت آموزشِ و پژوهش در علوم‌انسانی را طراحی کردند. پیش از آیت‌الله مصباح کسی چنین ساختاری تعریف نکرده بود. ایشان پیش از انقلاب و در سال ۵۴ با ایجاد بخش آموزشِ «موسسه در راه حق» و در سال ۶۶ با تأسیس «بنیاد باقرالعلوم(ع)» دوره پیشرفته و تخصصی برای فارغ‌التحصیلان موسسه در راه حق را برگزار کردند. سپس با تجمیع این دو، موسسه آموزشی و پژوهشی امام‌خمینی را بنیان نهادند. ایشان در اول انقلاب یکی از بنیا‌نگذاران «دفتر همکاری حوزه و دانشگاه» بودند که اکنون به «پژوهشگاه حوزه و دانشگاه» تبدیل شده است. اقدامات ساختاری علامه مصباح یزدی مبتنی‌بر دو پیش‌فرض بود:
نخست اینکه دانشگاه و دانشگاهیان فعلی توانایی اسلامی‌سازی علوم‌انسانی را ندارند و این توقع از آنان، توقع ناصوابی است.
دوم اینکه از حوزه سنتی هم نمی‌توان توقع انجام چنین کار سترگی را داشت، زیرا تمرکز حوزه سنتی بر فقه و اصول و نهایتا فلسفه و تفسیر است.
ایشان معتقد بودند نمی‌توان به ساختارهای آموزشی موجود در حوزه و دانشگاه برای اسلامی‌سازی علوم‌انسانی امید بست.
با این دو پیش‌فرض بود که ایشان مصمم به تأسیس موسسه‌ای آموزشی و پژوهشی شد تا دانش‌پژوهان آن، در هر دو حوزه، تخصص داشته باشند.
ایشان همچنین بر ایجاد گفتمانی نخبگانی در حوزه اسلامی‌سازی علوم‌انسانی تأکید داشتند و معتقد بودند اگر بهترین متن‌ها را هم تولید کنیم، ولی گفتمان‌سازی مناسبی صورت نگیرد و جامعه علمی آن را باور نکند، درعمل، کم‌فایده و کم‌ثمر بوده‌ایم؛ زیرا علم، در عین فرهنگ‌سازی، متأثر از فرهنگ عمومی است. می‌فرمودند: علوم غربی در راستای فرهنگ غربی است؛ یعنی این علوم هم فرهنگ غربی را شکل داده‌اند و هم خودشان متأثر از فرهنگ غرب بوده‌اند، بنابراین برای اسلامی‌سازی علوم‌انسانی نیز نباید از اسلامی‌سازی جامعه و فرهنگ غافل باشیم، بلکه باید جامعه‌ای توحیدی و مبتنی‌بر آرمان‌های اسلامی بسازیم. ایشان به‌صورت همزمان به «اسلامی‌سازی علوم‌انسانی» و «اسلامی‌سازی جامعه و فرهنگ عمومی» توجه داشتند.