منصور کبگانیان در این باره با تاکید بر اینکه قطعا اگر در روند فعالیت معاونت فناوری وزارت علوم ملاحظات مربوطه رعایت شود، هیچ‌گاه شاهد موازی‌کاری این معاونت با بخش‌های دیگر ازجمله معاونت علمی ریاست‌جمهوری نخواهیم بود، گفت: «در غیر این صورت در آینده و بعد از مدتی این احتمال وجود دارد که کارها به‌شکل موازی با دیگر دستگاه‌ها دنبال شوند و عملا نتیجه‌ای برای حوزه فناوری و نوآوری کشور نداشته باشند یا حتی شرایط را بدتر کنند.»
او با تاکید بر اینکه حوزه فناوری به‌قدری گسترده است که نمی‌توان یک معاونت را برای پیشبرد برنامه‌های مربوط به آنها درنظر گرفت و طبیعی است که نیاز به تقسیم‌کارها در این حوزه وجود دارد، اظهار داشت: «در حوزه فناوری ما از TRL1.2.3. 4 داریم و بعد از آن به TRL پنج، 6 و هفت می‌رسیم و برداشتم این است که دانشگاه‌ها و وزارت علوم باید تا مرحله چهار را که صرفا مباحث مربوط به فناوری می‌شود دنبال کنند، قطعا برای به سرانجام رساندن کارهای مربوط به همین چهارمرحله نیز راه‌اندازی معاونت خاص این موضوع می‌تواند راهگشا باشد و مسائل مربوط به پارک‌های علم و فناوری و مراکز رشد را دنبال کند.»
عضو شورای‌عالی انقلاب فرهنگی بیان داشت: «از TRL5 به بعد که مباحث وارد تجاری‌سازی و حوزه اقتصاد می‌شود، لازم است دستگاه‌های مختلف مرتبط با این حوزه وارد اجرا شوند، یعنی وزارتخانه‌هایی مانند صنعت، صمت، گمرک و ... باید وارد کار شوند، در این مرحله معاونت علمی هم باید وارد شده و نقش خود را ایفا کند. از نگاه ما معاونت علمی نهاد ریاست‌جمهوری و معاونت فناوری و نوآوری وزارت علوم، دو دستگاه مختلف نیستند، بلکه کلیت کار مانند یک دوی ماراتن است، به‌طوری‌که وزارت علوم کار را تا مرحله‌ای پیش می‌برد و بعد از آن باید معاونت علمی کار را در دست بگیرد.»
کبگانیان با اشاره به معاونت پژوهشی وزارت علوم خاطرنشان کرد: «وزارت علوم باید در تقسیم‌کار بین این دو معاونت، مراعات داشته و مباحث مربوط به هرکدام را مدنظر قرار دهد؛ چراکه بستر فعالیت‌های پژوهشی در دانشگاه‌ها است و علی‌رغم اینکه امروز با پایان‌نامه و رساله‌های قوی در حوزه‌های مختلف روبه‌رو هستیم اما استفاده مناسبی از آنها صورت نمی‌گیرد، طبیعی است که معاون پژوهشی باید علاوه‌بر اینکه مرجعیت جهانی ایران را در این حوزه حفظ کند، بسترهای لازم برای کاربردی سازی و استفاده از این ظرفیت را هم فراهم کند، این به آن معنی نیست که راه‌اندازی معاونت فناوری و نوآوری مخل این کار معاونت پژوهشی می‌شود.»