محمدعلی زلفی‌گل، وزیر علوم در پاسخ به «فرهیختگان» مبنی بر اینکه عده‌ای معتقدند راه‌اندازی معاونت فناوری و نوآوری به‌نوعی موازی‌کاری با معاونت علمی ریاست‌جمهوری و معاونت پژوهشی خود وزارتخانه محسوب می‌شود، گفت: «اینطور نیست؛ چراکه معاونت فناوری قرار است گرید مشخصی از شرکت‌های دانش‌بنیان و هسته‌های رشد را مدیریت و حمایت کند و بعد از آن معاونت علمی نهاد ریاست‌جمهوری کار را پیش خواهد برد. قطعا با این مدل، قرار نیست هیچ موازی‌کاری‌ای بین دونهاد صورت گیرد، بلکه هدف رفع چالش‌ها و تسهیل مسیر برای رسیدن به نقطه مطلوب است.»
او در توضیح بیشتر این مساله افزود: «مثال ساده اتفاقی که قرار است توسط معاونت فناوری و نوآوری ما و همچنین معاونت علمی نهاد ریاست جمهوری رخ دهد، همان مسیری است که در بحث آموزش نیروی انسانی در کشور در تمام این سال‌ها طی شده است، به‌عبارت‌دیگر امروز دو وزارتخانه آموزش‌وپرورش و علوم بحث آموزش را دنبال می‌کنند اما اینطور نیست که کارهای آنها تداخلی با یکدیگر داشته باشد؛ چراکه وزارت آموزش‌وپرورش تحصیل افراد تا دیپلم را مدیریت می‌کند و بعد از آن کار به دانشگاه‌ها سپرده می‌شود.»
وزیر علوم خاطرنشان کرد: «راه‌اندازی معاونت فناوری و نوآوری هم دقیقا یک بخش از پازل توانمندسازی شرکت‌های فناور را دنبال می‌کند، هرچند معاونت پژوهشی نیز کارهای بنیادین و کاربردی مرتبط با حوزه تحقیق را دنبال می‌کند اما در نظر داریم بحث مراکز رشد و به‌طورکلی تجاری‌سازی و کارآفرینی در حوزه‌های مرتبط با علم و فناوری را توسط این معاونت دنبال کنیم تا از این طریق ضعف‌های موجود در این زمینه را از بین ببریم. این به آن معنی نیست که معاونت پژوهشی دیگر وظیفه‌ای برعهده نخواهد داشت، بلکه حیطه فعالیت این معاونت هم کاملا مشخص است و طبق همان حرکت خواهد کرد.»