صادق زیباکلام درباره نامه اخیر موسوی‌خوئینی‌ها به رهبر انقلاب گفت: «آقای موسوی‌خوئینی‌ها در نامه اخیر خود رهبر انقلاب به مشکلات امروز جامعه نقد کرده است که چنین نقدهایی را خیلی‌های دیگر از جمله من هم کرده‌ایم و حتی من چندروز پیش در روزنامه شرق در یادداشتی نوشتم که وضع کشور از مرحله بحران هم عبور کرده است. گفتن چنین نقدهایی امر عجیب و تازه‌ای نیست اما سوالی که از آقای موسوی خوئینی‌ها باید پرسید این است که چه اسباب و عللی باعث شد که بعد از 42سال از انقلاب شاهد چنین وضعی باشیم؟
وضعیتی که اقشار آسیب‌پذیر حالشان خراب‌تر از همه ادوار است و طبقه متوسط چنان کوچک شده که شاید دیگر نتوان چنین طبقه‌ای را مشاهده کرد. هنر موسوی‌خوئینی‌ها این است که هرچندوقت یک بار انگشت اتهام را به سمت یکی از شخصیت‌های نظام نشانه می‌گیرد و روزی علیه آقای هاشمی سخن می‌گوید و روز دیگر خطاب به رهبری مشکلات را گوشزد می‌کند در صورتی که اگر قرار باشد در دادگاهی متهمان به وجودآمدن وضع کنونی احضار شوند، نخستین فردی که باید در آن دادگاه حاضر و محاکمه شود خود آقای موسوی خوئینی‌هاست.
او بخشی از گفتمان انقلاب که برگزاری انتخابات آزاد، نبود زندانیان سیاسی، برگزاری آزاد تجمعات و از این دست معیارهای آزاداندیشانه بود را نابود کرد. من از او می‌پرسم که آقای موسوی خوئینی‌ها آیا شما در به وجودآمدن شرایط امروز هیچ نقشی نداشتی؟ او با متهم کردن دیگران سعی می‌کند بار مسئولیت را از گردن خود وانهد و کاری کند که مردم فراموش کنند که عامل تحریف گفتمان انقلاب خود او بوده است».
این استاد دانشگاه ادامه داد: «خطای دیگر او این بود که در قبال مسائل مهم این کشور سکوت کرد. بازهم از آقای موسوی خوئینی‌ها می‌پرسم که شما در سال76 کجا بودی و چرا هیچ موضعی نگرفتی؟ در دی96 و آبان98 چه می‌کردی؟ واقعیت این است که ما همه مقصریم؛ منِ صادق زیباکلام، عباس عبدی، تاجزاده، اصغرزاده، خاتمی و بسیاری دیگر در ایجاد شرایط امروز مقصریم اما تردید نکنید که بیش و پیش از همه ما بزرگ‌ترین مقصر خودِ آقای موسوی خوئینی‌هاست.
این‌که طوری رفتار کنیم که انگار همه این مشکلات یک‌شبه ایجاد شده و خودمان به‌طور مستقیم یا غیرمستقیم در بحران‌های کنونی ایران نقش نداشته‌ایم، جز فرافکنی و فرار از مسئولیت چیزی نیست. موسوی خوئینی‌ها آرمان‌های انقلاب را زیرپا له کرد و انقلاب را فدای اهداف و امیال خود کرد و عامل اصلی تحریف گفتمان انقلاب خود او است».
زیباکلام در پایان با ذکر خاطره‌ای درباره شخصیت موسوی‌خوئینی‌ها گفت: «در انتها باید بگویم که موسوی خوئینی‌ها متکبرترین فردی است که به عمر خود دیده‌ام. به‌یاد دارم یکی از دانشجویانم بر موضوع تسخیر سفارت آمریکا کار می‌کرد و موفق شد با افرادی چون عباس عبدی، محسن میردامادی، محمود احمدی‌نژاد و معصومه ابتکار درباره آن موضوع گفت‌وگو کند.
او گفت که اگر بتوانم با آقای موسوی خوئینی‌ها هم گفت‌وگویی انجام دهم، پروژه‌ام کامل می‌شود؛ به‌همین دلیل از من خواست کرد که برای راضی‌کردن موسوی‌خوئینی‌ها تلاشی بکنم؛ من هم نامه‌نگاری‌های متعدد با او و دفترش انجام دادم و درخواست کردم که به چند پرسش این دانشجو پاسخ دهد و حتی از طریق دانشگاه تهران هم برای او نامه‌ای ارسال شد اما او حتی پاسخ نداد که می‌خواهد مصاحبه کند یا نه؛ یعنی حتی به خودش زحمت نداد که بگوید وقت ندارم و مصاحبه نمی‌کنم. او اگر روزگاری ادعای استکبارستیزی داشته، بهتر است در ابتدا با استکبار درونی خود مبارزه کند».