به گزارش «فرهیختگان آنلاین»، محمدرضا کائینی، پژوهشگر تاریخ طی یادداشتی در روزنامه «فرهیختگان» نوشت: واقعیت این است که مبنای تشکیل گروه «فرقان» از جنبه نظری نوعی خودبنیادی افراد و موسسان آن در فهم دین است؛ به عبارت روشن‌تر اینها متولیان رسمی تفسیر دین را که روحانیت باشد به هیچ می‌گرفتند و مبنا را فهم خود قرار می‌دادند. این رویکرد البته در تاریخ معاصر سابقه داشت و قبل از آن هم برخی گروه‌های روشنفکر و شبه‌روشنفکر به این کار دست زده بودند. منتها غلظت این مساله در فرقانی‌ها احتمالا به خاطر تجربیات شخصی اکبر گودرزی، رهبر این گروه بیشتر بود.
گودرزی قبلا، چه در قم و چه در تهران، از چند حوزه علمیه اخراج شده بود. به دلیل برخی افکار و رفتارهای غیرقابل‌توجیه او از مدارس متعدد از جمله از مدرسه آیت‌الله مجتهدی توسط شخص ایشان که از استادان ما بودند و داستان را بارها برای ما نقل کردند، اخراج شد. همین‌طور از مدرسه چهل‌ستون تهران توسط آیت‌الله سعید و از مسجد آذربایجانی‌ها معروف به مسجد ترک‌ها توسط مرحوم آیت‌الله خسروشاهی اخراج شد. این امر موجب شد او قدری کینه روحانیت سنتی و شیوه و متد متعارف فهم مسائل دینی را به دل بگیرد و به این سبب به آن رویکرد و میل اولیه در خودبنیاد بودن فهم دین روی بیاورد، چون در این زمینه چهره‌هایی مثل مهندس بازرگان و به‌طور مشخص علی شریعتی قبلا ورود کرده بودند، اینها گرایش نسبتا محسوسی به آثار و نحوه رفتار شریعتی در حوزه فهم دین داشتند.
البته در این اختلاف است که فرقانی‌ها چقدر از بن‌مایه‌ها و محتوای اندیشه شریعتی وام گرفته‌اند. برخی ربط چندانی بین این دو نمی‌بینند و برخی معتقدند که آنها شریعتی را به‌عنوان مبنا و بنیاد فکری پذیرفته بودند. در عین حال عده‌ای دیگر معتقدند اینها گرچه شریعتی را معلم ایدئولوژیک خود می‌دانستند اما پروژه او را چندگام پیش بردند و بعد از او آن پروژه را ادامه دادند، چه در قالب فرقان و چه در قالب آرمان مستضعفان که رئیس آن فضل‌الله عاشوری بود. در هر حال ریشه‌های تفکر در تاریخ معاصر وجود دارد و بخش زیادی از شکل‌گیری این مدیون بنیانگذار فرقه اکبر گودرزی بود که تجربیات شخصی و تحصیلی او به کمک آن ذهنیت اولیه آمد و نهایتا تبدیل به «فرقان» شد.