برگزاری انتخابات هیئت رئیسه مجلس شورای اسلامی برای اجلاسیه دوم در مجلس دوازدهم در دستورکار صد و یکمین جلسه قوه مقننه قرار داشت. محمدباقر قالیباف و احمد راستینه نماینده شهرکرد برای ریاست مجلس دوازدهم در اجلاسیه دوم اعلام کاندیداتوری کردند. در نهایت قالیباف با 219 رای از 272 رای ماخوذه رئیس مجلس دوازدهم در اجلاسیه دوم ماند. همچنین تعداد آرای احمد راستینه 38 رای و تعداد آرای باطله نیز 15 رای بود.
همچنین در جلسه روز سهشنبه ۶ خرداد ۱۴۰۴ صحن مجلس در جریان انتخاب اعضای هیئت رئیسه اجلاسیه دوم علی نیکزاد با ۱۱۱ رای و حمیدرضا حاجی بابایی با ۱۱۱ رای از مجموع ۲۷۳ رای ماخوذه پس از قرعه کشی به ترتیب به عنوان نواب اول و دوم ریاست مجلس شورای اسلامی انتخاب شدند.
در ادامه، انتخابات برای تعیین ۶ دبیر هیئت رئیسه برگزار شد که مجتبی بخشیپور، احمد نادری، روح الله متفکرآزاد، عباس پاپیزاده، رضا جباری و صدیف بدری به عنوان دبیران هیئت رئیسه مجلس دوازدهم انتخاب شدند.
همچنین حجتالاسلام علیرضا سلیمی، عباس گودرزی و سید جلیل میرمحمدی به عنوان ناظران هیئت رئیسه مجلس دوازدهم مشخص شدند.