شهرام امیری، کارشناس اداره کل میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری استان با اشاره به چند مدیریتی بودن مسجد سید اصفهان گفت: «وقفه در نگهداری این میراث ملی، شاهد تزیینات منحصر‌به‌فرد این مسجد در آستانه تخریب است.»
شهرام امیری افزود: «از سال گذشته پدیده فرونشست در این بنای تاریخی شکاف‌های عمیق دیده شد و تا کنون گنبدخانه و کاشیکاری‌های آن را در شبستان جنوب غربی درگیر کرده است.»
وی با اشاره به اینکه هم اکنون مرمت شبستان جنوب غربی آغاز شده و ادامه مرمت نیازمند اعتبار سایر نهاد‌ها است گفت: «کاشی‌کاری‌ها و گره چینی‌های چوبی دچار تخریب و ریزش شدید شده‌اند و سامانه برق کشی مسجد نیز احتمال آتش سوزی را افزایش داده است.»
معاون حقوقی اداره کل اوقاف و امور خیریه استان نیز گفت: «با توجه به اینکه مسجد سید اصفهان یک اثر ملی است نیاز به اعتبار ملی نیز دارد و تنها راه نجات این اثر تاریخی تشکیل کارگروهی با حضور ادارات کل دست اندکار همچون میراث فرهنگی، امور مساجد و اوقات به ریاست استاندار است.»
حجت الاسلام اصغر توسلی با اشاره به اینکه بعضی‌ها دو مدیریتی بودن این بنای تاریخی را باعث بوجود آمدن مشکلات بوجود آمده می‌دانند گفت: «آماده تعامل با قوه قضایییه برای تعیین تکلیف مدیریت مسجد هستیم.»
وی با اشاره به اینکه با دست خالی نمیتوان اقدامی انجام داد گفت: «ردیف بودجه‌ای تملک دارایی مساجد شهرستان اصفهان در دو سال پیاپی صفر بوده است.»
مسجد سید اصفهان باقدمت حدود ۲۰۰ سال با دو شبستان، چهلستون، سه ایوان و بیش از ۴۵ حجره در زمینی به مساحت ۸هزار متر مربع در زمان قاجار در اصفهان بنا شده است.