سیدمحمد خاتمی، رئیس دولت اصلاحات در واکنش به فضای سیاسی و رسانه‌ای ایجاد شده نسبت به فهرست پیشنهادی  پزشکیان به مجلس، خواستار درک موقعیت پیچیده و خطیر کنونی و برخورد واقع‌بینانه و مبتنی بر اطلاعات درست و انصاف در قبال آنچه که رخ داده و رخ خواهد داد، شد. وی خواست که همه به رئیس جمهور محترم در انجام وظایف سنگینی که دارد و عمل کردن به خواست ملت و قول‌هایی که داده است یاری رسانیم.

آنگونه که «جماران» روایت کرده، رئیس دولت اصلاحات که روز دوشنبه در جمع مشاوران خود سخن می‌گفت، تأکید کرد: انتخاب اعضاء هیئت دولت در مجموع روند قابل فهم و طبیعی داشته است. طبعاً هر کار تازه‌ای ممکن است اشکالاتی داشته باشد و این امر نباید موجب ارزیابی‌های شتابزده و نومیدی شود و نباید از موضع حمایت رئیس جمهوری که هنوز کار خود را شروع نکرده است به وادی انتقاد سخت و مخالفت افتاد.

سیدمحمد خاتمی واکنش‌های تند را بعضاً متأثر از نارضایتی‌های انباشته شده جامعه و توقعات برآمده از انتخابات و بعضاً ناشی از برخی پیش‌داوری‌ها و ذهنیت‌های نادرست و بی‌اطلاعی از فرایند انتخاب دانست و افزود: «ما هم ضمن تأیید انتخاب‌های خوبی که شده است بر این باوریم که در بعضی موارد می شد خیلی بهتر عمل کرد ولی به جناب پزشکیان احترام می‌گذاریم و ایشان را صاحب حق در انتخاب همکارانشان می‌دانیم و از ایشان انتظار معجزه در هر شرایطی نداریم. طبعاً علاقه‌مند و خواستار آن هستیم که به وعده‌هایی که داده‌اند پای‌بند باشند و ان‌شاءالله چنین خواهد شد. 

رئیس دولت اصلاحات تصریح کرد: وقتی ایشان می‌گوید طرح نور، طرح سیاهی است، طبعاً جلوی آن خواهد ایستاد. وقتی آن‌چه را بر جامعه دانشگاهی و فرهیخته می‌گذرد نمی‌پسندد، می‌کوشد آنچه درست است و مورد پسند آنان است عملی شود. وقتی از تحقیر هنرمندان و توهین و جفا به آن‌ها (که بسیاری از آن‌ها از خود نهادهای رسمی فرهنگی بوده است نه نهادهای امنیتی) رنج می‌برد با آن مخالفت خواهد کرد. ایشان پای‌بند به قول و نظر خود مبنی بر رابطه و تعامل بر اساس مصالح ملی با دنیا و رفع تحریم‌هاست و نیز به اصلاح در عرصه اقتصادی بخصوص آنچه به معیشت و بهداشت و امنیت مردم مربوط می‌شود و به توسعه توأم با عدالت می‌انجامد باور دارد، لذا در عمل هم پای‌بند خواهد بود و این‌ها خواست‌هایی است که باید از ایشان داشت.

سید محمد خاتمی خاطرنشان کرد: دولت وفاق ملی و وحدت هم رویکرد خوبی است، ولی ۵۰ درصدی که در انتخابات شرکت نکردند و چندین میلیون نفری که عمدتاً از ترس این‌که زمام امور به‌دست جریانی نامطلوب برای مصالح ملی و امنیت و توسعه کشور بیفتد، به ایشان رأی دادند، باید در امر وفاق و وحدت موردِ نظرِ جدّی باشند؛ نه فقط گروه‌ها و جریان‌های خاصی که پایگاه محدودی در متن جامعه دارند. وفاق ملی، ائتلاف سیاسی نیست، توجه همگانی به خواست ملت، برای تغییر و اصلاح امور است. برای پیش‌برد آن حاکمیت و همه جریان‌های سیاسی باید عملاً از این راهبرد حمایت کنند.

وی در خاتمه تأکید کرد: اصلاح‌طلبان و همه خیرخواهان کشور و ملت نباید مواضع اصولی خود را برای اصلاح رویه‌های غلط حکمرانی از یاد ببرند و باید نگاه انتقادی و البته خیرخواهانه‌ی خود را نسبت به دولت داشته باشند؛ ولی از هر برخورد هیجانی و غیرمنصفانه و شتابزده با مسائل که ناشی از اتکاء به داده‌های نادرست و یا ناتمام و ذهنیت‌ها و قضاوت‌های پیشینی و عدم توجه به پیچیدگی‌های امور و آینده‌نگری است خودداری کنند. راه اصلاح راه دراز و پرفرازونشیبی است و هرگامی که در این راه برداشته شود مغتنم است.