علی باقری کنی، سرپرست وزارت امور خارجه کشورمان در صفحه شخصی خود در فضای مجازی نوشت: اقدام مراجع قضایی-انتظامی آلمان در تفتیش اماکن مرتبط با مرکز اسلامی هامبورگ، به عنوان یکی از قدیمی‌ترین مراکز اسلامی با پیشینه‌ای ۷۰ ساله که میراث گران بهای مرجع روشن ضمیر شیعیان جهان حضرت آیه‌الله بروجردی است، حرکتی ناموجه و ناقض قواعد و موازین ناظر بر آزادی مذهب و اندیشه است.
وی افزود: این اقدام هدیه‌ای به افراط‌گرایان، خشونت‌طلبان و جریان‌های حامی تروریسم است. رژیم تروریستی اسراییل که از هر رخدادی برای منحرف کردن افکار عمومی از نسل‌کشی فلسطینیان استفاده می‌کند نیز از این اقدام پلیس آلمان استقبال کرد!
سرپرست وزارت امور خارجه تصریح کرد: مسئولیت آثار و عواقب مترتب بر این اقدام ناموجه و خشونت‌طلبانه بر عهده دولت آلمان است. جمهوری اسلامی ایران، همراه با امت اسلامی و ایرانیان خارج از کشور، از ترویج اندیشه و تمدن اسلامی-ایرانی و نیز استیفای حقوق مسلمانان و ایرانیان در هر نقطه از جهان از جمله آلمان حمایت می‌کند.
چندی پیش مرکز اسلامی هامبورگ به بهانه حمایت از فلسطین یا آنچه وزیر کشور آلمان یهودی‌ستیزی تعبیر کرده فعالیتش ممنوع اعلام شده است. اگرچه این بهانه به هیچ عنوان برای چنین اقدامی مشروعیت‌زایی نکرده و خلاف شعار آزادی‌بیان کشورهای غربی ازجمله آلمان است، تلاش‌های چندساله دولت آلمان نشان می‌دهد علت این اقدام را باید بیش از همه در اثر‌گذاری این مرکز با سابقه در جامعه آلمان دانست.