دومین جلسه علنی مجلس دوازدهم به ریاست علاءالدین بروجردی، رئیس سنی مجلس دوازدهم کار خود را با برگزاری انتخابات هیات رئیسه آغاز کرد. محمدباقر قالیباف، مجتبی ذوالنوری و منوچهر متکی برای ریاست مجلس دوازدهم اعلام کاندیداتوری کردند. در نهایت قالیباف با ۱۹۸ رای از مجموع ۲۸۷ رای ماخوذه رئیس مجلس دوازدهم در اجلاسیه اول شد. ذوالنوری ۶۰ رای و متکی ۵ رای کسب کردند. آرای باطله نیز ۲۴ رای بود.  قالیباف پیش از این نیز به مدت 4 سال ریاست مجلس یازدهم را برعهده داشت.

همچنین حمیدرضا حاجی بابایی و علی نیکزاد  با ۱۷۵ و ۱۶۹ رای به ترتیب به عنوان نایب اول و دوم رئیس مجلس شورای اسلامی انتخاب شدند.