طرح تحول نظام سلامت با سه هدف حفاظت مالی از مردم، ایجاد عدالت در دسترسی به خدمات سلامت و نیز ارتقای کیفیت خدمات در سال دوم دولت یازدهم اجرایی شد و به گفته کارشناسان تا حدودی توانسته است به اهداف خود در زمینه کاهش پرداختی مردم به ازای دریافت خدمات درمانی دولتی برسد. با این حال این طرح راه‌ درازی را برای دستیابی به همه اهداف خود دارد. هم‌اکنون افزایش هزینه‌های اجرای طرح تحول سلامت ادامه این طرح را با چالش‌های جدی مواجه کرد‌ه که صدای سازمان‌های بیمه‌گر را هم درآورده است.

اتکای وزارت بهداشت به سازمان‌های بیمه‌گر برای پرداخت هزینه‌‌ها، نبود منابع مشخص و دائمی برای حوزه سلامت و به تصویب نرسیدن طرح تجمیع‌ بیمه دلایلی است که برای این موضوع عنوان می‌شود. با این حال مجلسی‌ها در برنامه ششم توسعه تلاش کرده‌‌اند تا چند منبع اعتباری برای حوزه سلامت دست‌وپا کنند که بحث جنجالی مالیات بر خرده‌فروشی سیگار یکی از آنهاست. با این حال هنوز طرح پزشک خانواده و نظاع ارجاع که باعث کاهش هزینه‌های اجرای طرح تحول سلامت می‌شود، اجرا نشده است.

پرونده‌های الکترونیک سلامت یکی از زیرساخت‌ها و ارکان اجرای طرح پزشک خانواده و نظام ارجاع به سطح دو خدمات درمانی است. در این پرونده‌ها که به گفته مسئولان وزارت بهداشت در حال طی کردن مراحل پایانی خود است، تمام اطلاعات مربوط به سلامت افراد جمع‌آوری شده و به صورت الکترونیک در مراکز درمانی سراسر کشور به اشتراک گذاشته می‌شود. در این صورت زمانی که فرد به بیمارستان مراجعه می‌کند، براساس اطلاعات مربوط به پرونده پزشکی‌اش بهترین تصمیم برای او در کمترین زمان ممکن گرفته می‌شود. این نکته را نباید فراموش کرد که اجرای طرح پرونده‌های الکترونیکی در روستاها پر اهمیت‌تر است چراکه در روستاها مراکز درمانی تخصصی وجود ندارد و روستاییان معمولا به پزشکی که در مراکز درمانی حضور دارند که بعدها عنوان پزشک خانواده را یدک خواهند کشید، مراجعه می‌کنند که در صورت اجرای نظام ارجاع به سطح دو خدمات می‌توانند خدمات تخصصی را دریافت کنند.

به همین دلیل است که می‌توان گفت اجرای این طرح‌ها هزینه‌های طرح تحول را کاهش می‌‌دهد، چراکه از مراجعات بی‌دلیل به پزشکان و مراکز تخصصی جلوگیری می‌کند. در حال حاضر بسیاری از هزینه‌های حوزه سلامت کشور به دلیل انجام آزمایش‌ها و عکسبرداری‌های تخصصی، غیرضروری است که پرداخت آن به عهده سازمان‌های بیمه‌گر است.

با این حال با وجود اینکه اجرای طرح پرونده الکترونیک سلامت از مصوبات برنامه پنجم توسعه است و می‌تواند به کاهش هزینه‌‌های بخش سلامت کشور کمک کرده و به کاهش خطاهای پزشکی که گاه حتی منجر به فوت بیماران می‌شود، اجرا نشده است و به نظر می‌رسد باید در اولویت کاری وزارت بهداشت دولت دوازدهم باشد.