توجه فلاسفه سیاسی مثل جواد طباطبایی و مورخان فکری مثل اکبر ثبوت به اندیشه سیاسی آخوند خراسانی، نظام فکری و فقهی این مجتهد شیعی را بیش از گذشته به میدان نظر وارد کرده است. طباطبایی در کتاب نظریه حکومت قانون که در سال 1387 منتشر شد، با تمجید از نقش آخوند خراسانی در فهم حقوقی از واقعه مشروطه نوشت: «آخوندخراسانی، محلاتی و نائینی، اگرچه چو بید بر سر ایمان خویش می‌لرزیدند، اما خطر می‌کردند تا راهی نو باز کنند. مقدمات عقلایی اصول فقه و دستگاه مفاهیم آن چارچوبی را در اختیار آنان می‌گذاشت که با تامل در سرشت دگرگونی‌های دوران جدید، که از دهه‌ای پیش باد آن به ایران نیز رسیده بود، تعارض آن بساط کهنه و طرحی نو را دریابند و یقین کنند که این باد آن بساط کهنه را با خود خواهد برد.» پس از انتشار تحلیل طباطبایی که تاثیرات مثبت و منفی در فضای روشنفکری ایران برجای گذاشت، اکبر ثبوت وارد میدان منازعه شد و در سال 1389 کتابی را تالیف، تصنیف و تدوین کرد که تاکنون مجوز نشر از وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی دریافت نکرده‌است. ثبوت به‌مثابه نوه برادر شیخ آقابزرگ تهرانی، شرح‌حال‌نویس مشهور و از شاگردان آخوند، در آن کتاب که با عنوان «دیدگاه‌های آخوندخراسانی و شاگردانش» نگاشته بود، گزارشی منسوب به شیخ‌آقا بزرگ تهرانی را منتشر کرد و مدعی شد: «آخوندخراسانی در زمان مشروطه، در بعضی از جلسات، در پاسخ به انتقادها و پیشنهادهایی که مخالفان مشروطه یا موافقان آن مطرح می‌کردند، آسیب‌های احتمالی حاکمیت سیاسی فقیهان را بیان کرده‌است.» این ادعا برگرفته از گفت‌وگوی منسوب به آخوند با شاگردش میرزا محمدحسین ‌نائینی بود که شاگرد جوانش آقابزرگ تهرانی ناظر آن بوده و اکبر ثبوت شخصا آن را از آقابزرگ شنیده بود. در بخشی از کتاب که به گفت‌وگوی آخوند‌خراسانی و میرزای نائینی پرداخته شده بود، به صراحت دیدگاه آخوند خراسانی درباره آسیب‌های احتمالی حاکمیت شرعی و سیاسی فقها در جامعه بیان شده بود.

انتساب ادعای عدم حمایت از حکومت فقها به فقیهی که صاحب کفایه بود، برای برخی نمی‌توانست قابل‌قبول باشد و برای برخی دیگر موید تمایز و تفاوت نظریه سیاسی امام خمینی(ره) با آخوند خراسانی بود. منتقدان کتاب ثبوت را از دو جهت قابل خدشه دانستند: یکی نبود سند قوی در استناد آن مطالب به آخوندخراسانی به لحاظ تاریخی و دیگری تناقض این گزارش با عملکرد خود آخوند در نهضت مشروطه و ورود تام و تمام وی به‌عنوان مجتهد تراز اول شیعی در جبهه دفاع از مشروطه. با این حال اکبر ثبوت بر جلسات متعدد خصوصی و به مناسبت‌های مختلف بر صحت گزارش خود از دیدگاه آخوند خراسانی درباره مخالفت با حاکمیت سیاسی فقها تاکید کرد. اما هفته گذشته انجمن اندیشه و قلم اقدام به برگزاری نشستی با شرکت اکبر ثبوت به‌عنوان مدافع سندیت و محتوای کتاب «دیدگاه‌های آخوندخراسانی و شاگردانش» و حمید پارسانیا به‌عنوان منتقد دیدگاه‌های او کرد. نشستی که می‌توانست به روشن‌تر شدن منازعه بر سر میراث سیاسی آخوندخراسانی کمک کند. هرچند ایرادات پارسانیا به‌عنوان دیدگاه رسمی و همچنین پاسخ‌های ثبوت به او تازگی نداشت، اما برگ دیگری از مواجهه دو دیدگاه سیاسی (مدرن) و فقهی (سنتی) در نگریستن به آخوندخراسانی و نتایجی است که نهضت مشروطیت در تاریخ اندیشه معاصر ما گذاشته است.

ادله فقهی و کلامی
حمید پارسانیا | آنچه در بحبوحه خود مشروطه نزاع میان شیخ فضل‌الله نوری و میرزای‌نائینی بوده و دعوا بر سر آن است، بحث ولایت فقیه است. البته فقها قائل به ولایت فقیه هستند. بحث نظری ولایت فقیه و بحث امامت به تاریخ تشیع امتداد دارد. ادله ولایت فقیه یا کلامی است یا فقهی. ادله فقهی یا کلامی نیز یا نقلی است یا عقلی یا تلفیق عقل و نقل. همان‌طور که راجع به خود امامت این بحث‌ها وجود دارد. در مورد امامت جزء اعتقادات تشیع هست که حاکمیت حق امام معصوم(ع) است.

مساله حاکمیت روحانیت
اکبر ثبوت: اشکالی که گفته شد این بود که در مشروطه موضوع حاکمیت روحانیت مطرح نبود که محمدحسین نائینی بخواهد این را مطرح کند و آخوند هم بخواهد مشکلاتش را بگوید. من هم گفتم نه‌فقط در آن مقطع بلکه از دوره میرزای‌شیرازی حداقل و از دوره میرزاملکم‌خان که به‌طور صریح به این موضوع اشاره شده، مساله حاکمیت روحانیت مطرح بوده است. جالب است خیلی تعبیراتی که ما به کار می‌بریم مثل حزب‌الله، امام امت و... را خیلی روشن و مشخص ملکم‌خان در قانون به کار برده است.