اجرای پروژه‌ای مانند پروژه ایرانرود با مخالفت جدی سازمان حفاظت محیط‌زیست همراه است و هیچ کمکی از سوی این سازمان به اجرای طرح‌هایی که دستاوردی جز تخریب محیط‌زیست دارد، نخواهد شد. نکته مهم این است که برخی دانشگاه‌ها مانند دانشگاه صنعتی شریف که به دنبال اجرایی کردن چنین طرح‌هایی هستند اصلا به فکر مباحث زیست‌محیطی نیستند. حتی هدف آنها انتقال آب دریای مازندران به دریای عمان هم نیست بلکه تنها به دنبال این هستند که با دریافت بودجه‌های پژوهشی سودی نصیب خود کنند. اجرای طرحی مانند ایرانرود که بخواهد آب دریای مازندران را به دریای عمان منتقل کند هیچ‌گاه عملی نخواهد شد زیرا آسیب‌های زیست‌محیطی که اجرای این طرح دارد قابل احیا نخواهد بود. در همین هشت سال اخیر آب دریای مازندران 30 سانتی‌متر پایین‌تر رفته، تالاب‌ها خشک شده‌اند، خلیج گرگان با مشکلات زیست‌محیطی زیادی روبه‌رو است و اینها تنها تعدادی از مشکلاتی است که باید مرتفع شود. سازمان حفاظت محیط‌زیست نمی‌خواهد مشکلی بر مشکلات کنونی خود اضافه کند و قاطعانه با اجرای چنین طرحی برخورد خواهد کرد. از سویی پرسشی که مطرح می‌شود این است که پژوهشگران و کسانی که علاقه‌مند به اجرای این پروژه هستند چه تضمینی می‌دهند که اجرای آن هیچ مشکلی به همراه نداشته باشد و اینکه آیا می‌توانند آینده روشنی از اجرای این پروژه ارائه دهند؟متاسفانه تاکنون به اندازه کافی شاهد آسیب‌های زیست‌محیطی متعددی از اجرای چنین طرح‌هایی در کل کشور بوده‌ایم، مجریان و پیمانکاران آن پروژه‌ها هم آینده خوب و روشنی را برای همگان ترسیم می‌کردند اما درنهایت چنین اتفاقی نیفتاد و این ایده‌های رمانتیک چیزی جز خرابی به همراه نداشت. دست‌اندرکاران و علاقه‌مندان به اجرای طرح ایرانرود اگر دوست دارند به کشور کمک کنند بهتر است وقت و هزینه‌های خود را صرف کارهایی کنند که دستاورد مطلوبی برای کشور به همراه داشته باشد و بتواند کشور را از شرایط کنونی و بحران خارج کند. بسیاری از پروژه‌های مطلوب زیست‌محیطی وجود دارند که مسکوت مانده‌اند و به دنبال نیروهای پرتوان و جسوری هستند که آنها را اجرا کنند پس بهتر است مجریان و علاقه‌مندان به محیط‌زیست به سمت اجرای این طرح‌ها بروند و با اجرای آنها به توسعه و آبادانی کشور کمک کنند.