28 فروردین 1401 روزنامه «فرهیختگان» در یک گزارش تحقیقی از گم شدن 1500 میلیارد تومان در اتاق بازرگانی خبر داد. ماجرا از این قرار بود که اتاق بازرگانی بین سال‌های 1396 تا 1399 باید از فعالان اقتصادی 1851 میلیارد تومان دریافت می‌کرد اما رقم واقعی دریافتی اتاق (ثبت‌شده در سامانه اتاق) حدود 387 میلیارد تومان بود. 

با انتشار این گزارش، روسای فعلی و سابق اتاق مدعی شدند این گزارش مغرضانه و به قصد تخریب وجهه بخش خصوصی تهیه شده و فاقد اعتبار است. همزمان با این اظهارات، اتاق بازرگانی ایران علیه روزنامه فرهیختگان نیز در مراجع قضایی طرح شکایت کرد. 

انکارهای هیات‌رئیسه اتاق بازرگانی همچنان ادامه داشت تا اینکه در دیماه 1401 برخی از اعضای اتاق گزارش متمم و اصلاحیه بودجه 1401 اتاق را منتشر کردند. طبق گزارش متمم بودجه، بودجه اتاق به‌یکباره در سه ماه پایانی سال گذشته با افزایش 49 درصدی از 896 میلیارد به 1332 میلیارد تومان رسید. 

نکته قابل تامل اینکه، طبق سند متمم بودجه اتاق، این منابع جدید از اتصال شرکت‌های اتاق بازرگانی اصفهان به سامانه کارت هوشمند به‌دست آمده بود. به‌عبارتی، فقط در اتاق اصفهان حدود 30 درصد از منابعی که «فرهیختگان» مدعی گم شدن آن بود، به‌یکباره پیدا و صرف افزایش بودجه سال 1401 اتاق ایران شد. 

در جدیدترین اتفاق، اتاق بازرگانی با انتشار متنی مدعی شده «از اتهامات مالی تبرئه شده است». گرچه هنوز مشخص نیست تناقض اختلاف منابع درآمدی اتاق چگونه حل‌وفصل شده، اما در متنی که  توسط برخی از اعضای اتاق ایران و برخی رسانه‌ها دست‌به‌دست می‌شود، رئیس اتاق ایران مدعی شده «منتشرکنندگان گزارش تخلف 1500 میلیارد تومانی در حال محکوم‌شدن بودند که رئیس وقت اتاق ایران شکایت خود از این افراد را پس گرفته و پرونده بسته شده است.» 

این ادعای اتاق ایران درحالی است که براساس رای نهایی شعبه 16 بازپرسی دادسرای فرهنگ و رسانه تهران که به تایید شعبه 9 دادگاه کیفری یک استان تهران نیز رسیده، اتاق بازرگانی ایران هیچ مستنداتی برای اثبات عناوین اتهامی علیه «فرهیختگان» شامل «1- افتراء، 2- توهین و 3- نشر اکاذیب و مطالب خلاف واقع»، به دادگاه ارائه نکرده و روزنامه «فرهیختگان» از همه اتهامات تبرئه شده است.