انتخابات ششمین دوره مجلس شورای اسلامی ۲۹ بهمن ۱۳۷۸ برگزار شد اما شورای نگهبان در ۱۱ اسفندماه با صدور اطلاعیه‌ای از بروز تخلف در برخی حوزه‌های انتخاباتی خبر داد. در نتایج اولیه هم هاشمی‌رفسنجانی با حدود ۷۵۰ هزار رای، نفر سی‌ام حوزه تهران شد. گرچه او با این نتیجه کرسی مجلس را تصاحب می‌کرد اما تعداد آرای پایین در پایتخت و کسب جایگاه آخر قطعا برای او شکست بزرگی به‌حساب می‌آمد. در همان روزها بحث ابطال کل انتخابات تهران هم داغ بوده است. در گزارش امروز فرهیختگان مطابق کتاب تازه‌ انتشاریافته‌اش مرحوم هاشمی، شخص او و لاریجانی به همراه بعضی اعضای شورای نگهبان پیگیر ابطال انتخابات مجلس ششم بودند ولی رهبر انقلاب مانع شدند. برخی از این روایت‌ها را در ادامه می‌خوانید:

*«شب آقایان احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان و دکتر حسن روحانی دبیر شورای عالی امنیت ملی و علی لاریجانی، رئیس سازمان صدا و سیما، میهمانم بودند. درباره انتخابات تهران بحث شد آقای جنتی، گفت بخشی از اعضای شورا، ضمن اینکه اشکال انتخاب تهران را قبول دارند ابطال آن را مصلحت نمی‌دانند.»(۲۵ اردیبهشت) 

*«آقای محمدرضا عباسی‌فرد، عضو شورای نگهبان و مدیرکل اجرایی مجمع تشخیص مصلحت نظام آمد؛ درباره بازشماری آرای تهران مذاکره شد. گفت ما اشکالات انتخابات تهران را می‌دانیم و اگر ملاحظات سیاسی در کار نباشد نظر اکثر شورای نگهبان بر بطلان است و گفت دوم خردادی‌ها هم به‌شدت نگران ابطال انتخاباتند و آقای سیدمحمدعلی ابطحی، رئیس دفتر رئیس‌جمهور به او تلفن کرده و در این خصوص ابراز نگرانی کرد.»(۲۴ فروردین) 

*«دکتر حسن روحانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی و رئیس مرکز تحقیقات استراتژیک مجمع تشخیص مصلحت نظام آمد. … از قول عباد [آقای علی ربیعی] گفت آقای خاتمی از طریق آقای علی یونسی، وزیر اطلاعات، مطلع شده که شورای نگهبان قصد ابطال انتخابات تهران را دارد… و ناراحت است و می‌خواهد به رهبری شکایت کند.»(۱۱ اردیبهشت) 

*«آقای سیدصدرالدین شریعتی، بازرس شورای نگهبان آمد و نمونه‌هایی از تخلف‌ها در انتخابات تهران را گفت. آقای عباس واعظ طبسی، تولیت آستان قدس‌رضوی آمد. درمورد اشکالات انتخابات تهران و ضرر تایید انتخابات برخلاف قوانین صحبت بود. آقای علی لاریجانی هم آمد و گفت کامپیوتر نتایج بازشماری‌ها را دیده است. انتخابات قابل‌توجیه نیست.»(۲۷ اردیبهشت) 

*«سر شب آقای علی لاریجانی رئیس سازمان صداوسیما، اطلاع داد که شورای نگهبان امروز به باطل بودن انتخابات تهران رسیده ولی به‌خاطر نگرانی از عواقب، ضمن نامه‌ای از رهبری راهنمایی خواسته‌اند و رهبری در جواب گفته‌اند که نتایج صندوق‌های شمرده‌شده، هرچه شد عمل شود و به بازشماری صندوق‌ها ادامه ندهند و نتایج اعلان شده در این موارد را بپذیرند. آقای احمد جنتی دبیر شورای نگهبان نیز گفت، شورای نگهبان با ۸ رای به ابطال رای داد ولی قید کردند از رهبری هم نظر خواسته شود که نتیجه آن شده، کار درستی نکرده‌اند که رهبری را در این مورد مشکل‌دار درگیر کرده‌اند.»(۲۹ اردیبهشت) 

هاشمی از شورای نگهبان بابت اینکه بعد از تصویب ابطال انتخابات نظر رهبری را هم پرسیده‌اند ناراحت است. او در خاطرات روز بعد نیز با اشاره به واکنش مثبت رسانه‌های خارجی به دستور رهبری، به‌صورت غیرمستقیم نارضایتی خود از تصمیم آیت‌الله خامنه‌ای را ابراز می‌کند. علی لاریجانی هم از اینکه رهبری مانع ابطال انتخابات شده‌اند ناراضی است. برخی از این موارد را بخوانید:

*«رسانه‌های خارجی مخصوصا بخش فارسی رادیو بی‌بی‌سی از دستور رهبری برای تایید انتخابات تهران اظهار رضایت می‌کنند. آنها که معمولا اقدامات رهبری را زیرسوال می‌بردند و حمل بر حمایت از محافظه‌کاران می‌نمودند این بار ستایش می‌کنند. آقای علی لاریجانی آمد. نحوه و دلیل ابطال صندوق‌های انتخابات تهران را ارائه داد. درمورد انصراف من مذاکره شد. او هم از اقدام رهبری در دستور قبول انتخابات، ناراضی است.» 

*«ظهر آقایان عباس واعظ‌طبسی، احمد جنتی، علی‌اکبر ناطق‌نوری، قربانعلی دری‌نجف‌آبادی و محمدعلی موحدی‌کرمانی میهمانم بودند. آقای جنتی، گزارش جلسه نهایی شورای نگهبان را داد که با هشت رای انتخابات تهران باطل شده، ولی پس از اطلاع به رهبری و پیشنهاد اظهارنظر ایشان و حضور آقای سیدعلی‌اصغر حجازی از دفتر رهبری در جلسه، و نوشتن نامه و جواب رهبری، عملا منجر به تایید انتخابات با ابطال بخشی از صندوق‌ها و دستور تعقیب متخلفان شده است. حضار انتقاد کردند و گفتند بعد از رای به ابطال، جای سوال از رهبری نبوده است.»(۳۱ اردیبهشت)