از پایان فصل سیزدهم که علی فتح‌الله‌زاده از مدیریت باشگاه استقلال برکنار شده و برای چندمین بار با این باشگاه قطع همکاری کرد تا زمانی که او دوباره عنان کار را در فصل بیست‌ودوم در اختیار گرفت در حدود یک‌دهه اخیر مدیران زیادی به این باشگاه رفت‌وآمد کردند که اکثرا مهم‌ترین دستاوردشان بدهی‌های کلان، ناکارآمدی، ضعف مدیریتی و ناکامی در این باشگاه بوده است. 
بررسی عملکرد این مدیران خالی از لطف نیست. البته لازم به ذکر است که در این میان استقلال در دوران مصطفی آجورلو از باب نتیجه‌گیری فوق‌العاده عمل کرده و با کسب نتایجی درخشان و با رکوردشکنی‌های متعدد به‌عنوان قهرمانی لیگ برتر رسید. این درحالی است که بعضا عملکرد ضعیف اقتصادی این مدیر و عدم تسویه‌حساب با بدهکاران قدیمی و بزرگ این باشگاه باعث شد تا دود آن در آینده به چشم استقلالی‌ها رفته تا درنهایت کار به حذف از آسیا و کشیده شدن پای مدیران استقلال به دادگاه منجر شود. 
نکته قابل توجه در این بین اینکه نباید یادمان برود که همه این مدیران دستپخت وزارت ورزش در این سال‌ها بوده و این نفراتی هستند که همه آنها را وزرای وقت ورزش انتخاب کرده‌اند. حال اینکه این نفرات چه گلی به سر استقلال در این سال‌ها زده‌اند و اینکه چرا باز هم این وزارت در تلاش است تا خود راسا مدیرعامل بعدی را هم انتخاب کند، جای سوال دارد. 

بهرام افشارزاده (اردیبهشت 93- مرداد 95)
در اردیبهشت 93 با جدی شدن زمزمه‌‌هایی مبنی‌بر خصوصی‌سازی استقلال، وزارت ورزش هیات‌مدیره جدیدی را روی کار آورد و بهرام افشارزاده مدیر کهنه‌کار و زحمتکش اما سن و سال‌دار ورزش ایران به‌عنوان مدیرعامل استقلال منصوب شد. با آغاز مدیریت افشارزاده، عدم‌نتیجه‌گیری استقلال در لیگ همچنان ادامه پیدا کرده و استقلال در فصل چهاردهم همراه با قلعه‌نویی با رتبه ششمی به کار خود پایان داد، ضمن اینکه برای دومین فصل پیاپی نتوانست سهمیه حضور در آسیا را کسب کند. در پایان این فصل افشارزاده، مظلومی را مجددا به‌عنوان سرمربی استقال انتخاب کرد. دوران مدیریت افشارزاده درمجموع برای استقلال موفقیت‌آمیز نبود.  استقلال در دومین فصل حضور افشارزاده و با مربیگری مظلومی در هفته‌‌های آخر صدر جدول لیگ برتر را از دست داد و در فینال جام حذفی نیز در ضربات پنالتی جام را به ذوب‌آهن اصفهان واگذار کرد. شکست 4گله از پرسپولیس نیز در همین دوران رخ داد تا یکی از بدترین فصول آبی‌ها از لحاظ نتیجه‌گیری در دربی در تاریخ این باشگاه ثبت شود.  از دست رفتن فرصت تملک ورزشگاه شهید کاظمی که امروز در اختیار رقیب استقلالی‌هاست از شاهکارهای مدیریتی بود که در زمان مدیریت افشارزاده که اتفاقا یکی از طولانی‌ترین دوران مدیریت در سال‌های اخیر در این باشگاه بود به‌وقوع پیوست!

رضا افتخاری (مرداد 95- تیر 97)
افتخاری نیز با یک فرصت دوساله مدیریت در باشگاه استقلال به مدیریت رسیده، اما درنهایت او نیز با تجمع، تحصن و جار و جنجال از استقلال رفتنی شد. کسب مقام‌های نه‌چندان مناسب و 6‌تایی شدن در آسیا، از افتضاحات مدیریتی فردی بود که هواداران استقلال از وی به‌عنوان یکی از بی‌خیال‌ترین و منفعل‌ترین مدیران ادوار این باشگاه نام می‌برند.  افتخاری مدیری بود که سابقه مدیریت در فوتبال نداشت و حتی پیشینه تیم استقلال را نیز به‌درستی نمی‌شناخت و در مصاحبه‌ای در مورد تعداد قهرمانی‌های استقلال در آسیا به اشتباه عدد 3 را ذکر کرد و اعلام کرد به‌دنبال کسب چهارمین قهرمانی در آسیاست! نکته قابل توجه اینکه دوران مدیریت افتخاری در استقلال همچون افشارزاده پر از حاشیه بود. در ادامه استقلال فصل شانزدهم را با نتایج بسیار ضعیفی آغاز کرد و در زمستان این فصل از سوی فیفا از یک پنجره نقل‌و‌انتقالات محروم شد. اعتصاب چندباره استقلالی‌ها در همین دوران رخ داده و در همین دوران نیز حواشی زیادی اتفاق افتاد. درنهایت هم افتخاری به بهانه بیماری از سمت خود استعفا داد. 
امیرحسین فتحی (تیر 97- آذر 98)
دوران مدیریت امیرحسین فتحی که به‌عنوان سرپرست موقت باشگاه استقلال ورود کرده و سپس مدیرعامل شد نیز کم‌حاشیه در پی نداشت. در ابتدای کار عدم‌موفقیت در تمدید قرارداد مامه تیام و سرور جپاروف در ابتدای راه اولین مورد در این مسیر بود. او که در نخستین روز‌های پذیرش سمت جدیدش در استقلال برای مذاکره با این دو بازیکن راهی ترکیه شد، اما نتوانست نظر دو تن از ستون‌های اصلی موفقیت این تیم در لیگ برتر و لیگ قهرمانان آسیا را جلب کند. ماجرای سوپرجامی که قرار بود بین استقلال و پرسپولیس برگزار شود و درنهایت بدون انجام مسابقه به‌دلیل امتناع آبی‌ها قهرمانی آن به قرمزها رسید نیز در زمان مدیریت فتحی اتفاق افتاد.  دوران مدیریت فتحی به دوران نگفتن حقایق شهرت دارد. درنهایت هم نحوه قرارداد ترکمانچای ‌به‌گونه‌ای که این چهره با استراماچونی بست و عدم‌حفظ وی برای تداوم همکاری با استقلال باعث شد تا او به‌نوعی مقدمات برکناری‌اش را فراهم کرده و جالب اینکه فتحی هم با جار و جنجال و تجمع هواداران درنهایت از سمت خود برکنار شد. 
احمد سعادتمند (فروردین 99- مهر 99)
از دوره برکناری فتحی تا روی کار آمدن سعادتمند، دو سرپرست در این مدت کار را در اختیار گرفته که اتفاقا دوران مدیریت هر دو یعنی خلیل‌زاده و فتح‌الله‌زاده دوران کوتاه و پرحاشیه‌ای بود. با این حال احمد سعادتمند از معدود مدیرانی بود که برای کارهای اقتصادی در باشگاه ایده‌های جذابی داشت اما او به سراغ افرادی رفت که درنهایت همان‌ها باعث شدند او خیلی زود‌تر از انتظار از کار برکنار شود. دست نیاز به‌سوی برخی افراد غیرموجه برای کمک به استقلال، اختلاف‌نظر با فرهاد مجیدی سرمربی وقت در حساس‌ترین مقطع، سفر بدموقع به ایتالیا برای مذاکره با استراماچونی و مصاحبه‌ای غیرحرفه‌ای بعد از ناکامی استقلال در آسیا باعث شد تا سعادتمند خیلی زود از کار برکنار شود. 

احمد مددی (مهر 99- مهر 1400)
دوران مدیریت احمد مددی در صفاتی مثل بله قربان‌گو، منفعل نسبت به اتفاقات و تزلزل در تصمیم‌گیری خلاصه می‌شود. مدیریتی که باعث شد تا این تیم در این دوران کار را با فکری آغاز کرده و با مجیدی به پایان برساند و درنهایت با ناکامی در آسیا نسخه مددی هم پیچیده شد تا او از کار در این باشگاه برکنار شود. دعواهای متعدد، شکایت مداوم از رسانه‌ها و حتی شکایت از پیشکسوتان و بازیکنان به مراجع قضایی از شاهکارهایی بود که در دوران مدیریت مددی به ثبت رسیده و درنهایت این مدیرعامل نیز با انتقادهای هواداران از عملکرد مدیریتی وی از کار برکنار شد. 
مصطفی آجورلو (مهر 1400- مهر 1401)
درباره آجورلو در مطلب ابتدایی اشاراتی داشته و به نتایج اخیر استقلال در مدت زمان مدیریت او اشاره کردیم اما شلختگی مدیریتی و بی‌نظمی‌های اقتصادی در دوران مدیریتی این چهره درنهایت کار را به‌جایی کشاند که با شبه‌کودتا مدیرعامل قبلی استقلالی‌ها از کار برکنار شد. چند برابر شدن قرارداد بازیکنان و دعواهای بی‌حاصل با سازمان لیگ و صداوسیما و پرداخت حقوق‌های نجومی از شاهکارهای دوران مدیریت آجورلو بود.

علی فتح‌الله‌زاده (مهر 1401- فروردین 1402)
با توجه به تازه بودن اتفاقات دوران مدیریت فتح‌الله‌زاده همه آنها در ذهن اهالی فوتبال و استقلالی‌ها به اندازه کافی تازه هستند و به‌نظر نمی‌رسد اتفاقات تلخ ماه‌های اخیر به‌خصوص حذف از آسیا خیلی نیاز به بازگویی داشته باشد.