در پی اظهارات مهدی محمدنبی، نایب‌رئیس فدراسیون فوتبال در یک برنامه تلویزیونی و اعلام این موضوع که بازیکنان تیم ملی قصد نداشتند در نیمه دوم بازی با الجزایر به میدان بروند، اسکوچیچ سرمربی سابق تیم ملی نسبت به این موضوع واکنش نشان داده و با انتشار یک پست اینستاگرامی به نایب‌رئیس فدراسیون با لحنی تند پاسخ داد. 
وی در بخشی از این پاسخ خود با بیان اینکه دیگر امروز همه می‌دانند که شما و نفرات‌تان در دوران من با بازیکنان در تماس بوده‌اید و آنها را تحریک می‌کرده‌اید، حتی با مربی جایگزین من هم از مدت‌ها پیش در ارتباط بوده‌اید و در واقع دلیل دودستگی در تیم ملی خود شما بودید، به این موضوع اشاره می‌کند که در جام جهانی نیز ناچار شدید مسن‌ترین تیم رقابت‌ها را روانه مسابقات کنید؛ چراکه باید لطف برخی بازیکنان که مسیر را برای رسیدن‌تان به جام جهانی هموار کرده بودند جبران می‌کردید. 
اسکوچیچ همچنین در بخش دیگری از اظهارات خود تاکید می‌کند: «می‌توانید از پاداش‌ها و حواله‌های خودرویی که من برایتان به ارمغان آورده‌ام لذت ببرید و کماکان هم باید ممنون من باشید که منابع مالی کافی برای جبران اشتباهات گذشته‌تان که هزینه‌ای گزاف داشته‌اند، فراهم کرده‌ام. لطفا مسئولیت انتخاب‌تان برای آوردن کارلوس کی‌روش را بپذیرید و با داستان‌های ساختگی درباره من بهانه‌جویی نکنید.» 
این در‌حالی است که بلافاصله فدراسیون فوتبال وارد عمل شده و در پاسخی تهدید‌آمیز به اظهارات اسکوچیچ واکنش نشان می‌دهد. 
فدراسیون فوتبال در این مورد اعلام کرد: «طرح موضوعات‌ کذب و دور از واقعیت که به قصد جوسازی علیه فوتبال ملی ایران انجام گرفته با ارائه مدارک مقتضی در مراجع ذی‌صلاح بین‌المللی و ملی پیگیری خواهد شد و با ارائه مدارک و مستندات لازم که متعاقبا به مراجع ذی‌صلاح بین‌المللی ‌و ملی صورت می‌گیرد، پیگیری قانونی انجام خواهد شد. 
بر همین اساس و طبق شنیده‌های خبرنگار «فرهیختگان» قرار است فدراسیون فوتبال در واکنش تند نسبت به اظهارات سرمربی سابق کروات تیم ملی از وی به کمیته اخلاق فیفا شکایت کرده و این پرونده را به‌زودی به این نهاد قضایی و بین‌المللی تقدیم کند.