باشگاه استقلال در این مدت با حاشیه‌ها و مشکلات زیادی مواجه بوده است هرچند در این سال‌ها عدم موفقیت و کامیابی تیم بزرگسالان استقلال باعث شده اصولا هیچ موفقیت دیگری در این باشگاه به چشم نیاید اما در هر صورت آکادمی فوتبال استقلال اگرچه با مدیریت یک فرد غیراستقلالی یعنی ناصر فریادشیران طی چندماه اخیر به حیات خود ادامه داده و موفقیت‌هایی را کسب کرد اما در ادامه برخی حواشی و شایعه‌ها در زمان حضور فریادشیران باعث شد آکادمی استقلال این روزها نقل محافل رسانه‌ای باشد البته همان‌طور که ذکر کردیم قهرمانی در چند رده سنی و برتری‌های پیاپی در دیدارهای سنتی و سرنوشت‌ساز دربی باعث شد برخی اتفاقات زیر سایه این موفقیت‌ها گم شده و پنهان بماند اما در ادامه و با شکایت برخی باشگاه‌ها نسبت به اقدامات صورت‌گرفته در زمان نقل‌وانتقالات پیش‌فصل باعث شد تا این قهرمانی‌ها و موفقیت‌ها نیز تحت‌الشعاع قرار بگیرد.

نکته مهم آنجایی است که برخی سیاسی‌بازی‌ها و گروکشی‌های پشت‌پرده به آکادمی نیز رحم نکرده و بعد از رفتن فریادشیران از آکادمی که هنوز معلوم نیست برکنارشده یا استعفا کرده، این آکادمی تا به‌امروز بدون صاحب و مدیر اداره شده و نکته نگران‌کننده و تاسف‌آور آن است که تنها چند روز دیگر تا پایان فرصت نقل‌وانتقالات در رده‌های سنی باقی‌مانده و این درحالی است که هنوز مشخص نیست چه کسی عهده‌دار امور در آکادمی استقلال بوده و چه افرادی امور فنی را برای فصل آینده در تیم‌های رده‌های سنی آبی‌پوشان برعهده خواهند گرفت، هرچند طبق شنیده‌های «فرهیختگان» خبر خوب برای استقلالی‌ها آن است که چند روزی زمان نقل‌وانتقالات به عقب افتاده است و باشگاه فرصت دارد تکلیف آکادمی را روشن کند.

با این حال برخی ابهامات درخصوص عملکرد آکادمی استقلال در زمان مدیریت فریادشیران و از زمان سرپرستی احمد مددی تا به‌امروز که او مدیرعامل این باشگاه محسوب می‌شود وجود داشته که می‌تواند سروصدای زیادی به‌پا کند و مستنداتی نیز در این زمینه وجود دارد.

در برخی از این مستندات این‌طور ذکر شده است که برخی بازیکنان بی‌کیفیت بدون داشتن عملکرد فنی مناسب در حد و اندازه‌های نام باشگاه بزرگ استقلال و به‌واسطه برخی مسائل مالی یا براساس رابطه به سرمربیان تیم‌های رده‌های سنی معرفی شده‌اند و اگرچه برخی از این سرمربیان به‌ویژه در چند مورد علی جانملکی، سرمربی سابق جوانان استقلال و در موارد دیگر آرش برهانی از حضور این بازیکنان بی‌کیفیت در ترکیب تیم خود امتناع کرده و آنها را نپذیرفتند اما به‌نظر می‌رسد فشارها درنهایت باعث شده است تا این اتفاق بیفتد.

در یک نمونه بازیکنی که پدرش خود را مامور یک وزارتخانه مهم معرفی کرده به باشگاه استقلال معرفی شد و حتی با برخی ارتباطات نیز او به تمرین تیم امید و بزرگسالان راه پیدا کرد اما در ادامه به تیم جوانان معرفی شد و علی جانملکی به‌خاطر سطح پایین این بازیکن از پذیرفتنش امتناع کرد اما با تهدید و ارعاب پدر وی درنهایت به هر شکل نام وی به‌عنوان بازیکن استقلال در این رده سنی ثبت شد!

همچنین در یک نامه که پای آن را بازیکنان و کادرفنی و حتی خانواده‌های بازیکنان امضا کرده‌اند درخصوص برخی موارد مانند افت فاحش امکانات و تجهیزات، اعتراضات وسیعی صورت گرفته و از کمبود لباس‌های تمرینی، بی‌کیفیت بودن توپ و امکانات و حتی نبود آب معدنی و استفاده بازیکنان از آب‌ سرویس بهداشتی و اتفاقات دیگر ازجمله عدم تعهد به برخی قول‌ها ازجمله پرداخت پاداش پیروزی در دربی گلایه‌هایی صورت گرفته و عنوان شده این موضوعات موجب سرخوردگی بازیکنان رده‌های سنی استقلال شده است.