اواخر دهه60، تیمی برای تهیه و تولید و ساخت سریال امام‌علی(ع) جمع شدند و در روز سه‌شنبه 21 آبان 1370، فیلمبرداری این سریال کلید زده شد. در اولین سکانسی که به روش 35 میلیمتری، در دکورهای مدینه در شهرک سینمایی غزالی فیلمبرداری شد، مروان بن‌حکم (اصغر همت) برای مخالفان خلیفه سوم، خط و نشان کشید.

محمد هاشمی، رئیس وقت سازمان هم در اولین جلسه فیلمبرداری حضور داشت.  فیلمبرداری این سریال تاریخی نزدیک 19 ماه به‌طول انجامید. با این‌حال مراحل پس از تولید سریال طولانی شد و نهایتا پخش سریال در سال 75 آغاز شد. اولین شهری که عوامل برای ضط بخش‌هایی از آن رفتند، شهر کاشان بود و بخشی از کاخ‌ها در کاشان فیلمبرداری شده است. گروه برای ادامه کار به بندرعباس رفتند. در این بندر آبگاه متعلق به جنگ صفین در منطقه گِنو فیلمبرداری می‌شود.

جنگ خوارج در ورامین و نزدیک پیشوا و منطقه قلعه‌نو فیلمبرداری می‌شود. کاخ سبز معاویه، مسجد کوفه و خانه قطام هم در شهرک سینمایی غزالی مقابل دوربین رفته است. میرباقری به‌خوبی می‌دانست که برای دراماتیزه کردن یک روایت تاریخی چگونه از تمام امکانات جغرافیایی بهره ببرد و برای همین بود که جنگ‌ها یا موقعیت‌های مختلف سریال را در جغرافیای خاصه آن، طراحی می‌کرد.