مسعود پزشکیان در حکمی با انتصاب محسن اسماعیلی به سمت «معاون راهبردی و امور مجلس رئیس جمهور» تصریح کرد: انتظار دارد، با اتخاذ سیاست‌ها و برنامه‌های راهبردی مناسب و تعامل مؤثر و سازنده با مجلس شورای اسلامی، نسبت به تنظیم و ارتقای روابط قوای مجریه و مقننه، اهتمام حداکثری مصروف داشته و همچنین ضمن بهره‌گیری از تجربه انباشته مدیران ارشد کشور در دهه‌های گذشته و توانمندی‌های گسترده علمی، تخصصی و کاربردی نخبگان، اندیشکده‌ها و نهادهای جامعه مدنی، نسبت به رصد و انعکاس تحولات کلان داخلی و بین‌المللی و میزان دستیایی به اهداف مقرر در قانون اساسی، سند چشم‌انداز و سیاست‌های کلی مصوب مقام معظم رهبری (مدظله العالی) مجدانه کوشا باشید.

متن حکم رئیس جمهور به شرح زیر است؛

«بسم الله الرحمن الرحیم
جناب آقای محسن اسماعیلی

به استناد اصل یکصد و بیست و چهارم قانون اساسی و نظر به مراتب تعهد، شایستگی و تجارب ارزشمند علمی و اجرایی، جناب‌عالی به موجب این حکم به عنوان «معاون راهبردی و امور مجلس رئیس جمهور» منصوب می‌شوید.

انتظار دارد با اتکال به خداوند متعال و رعایت منشور اخلاقی کارگزاران دولت چهاردهم، با اتخاذ سیاست‌ها و برنامه‌های راهبردی مناسب و تعامل مؤثر و سازنده با مجلس شورای اسلامی، نسبت به تنظیم و ارتقای روابط قوای مجریه و مقننه، اهتمام حداکثری مصروف داشته و همچنین ضمن بهره‌گیری از تجربه انباشته مدیران ارشد کشور در دهه‌های گذشته و توانمندی‌های گسترده علمی، تخصصی و کاربردی نخبگان، اندیشکده‌ها و نهادهای جامعه مدنی، نسبت به رصد و انعکاس تحولات کلان داخلی و بین‌المللی و میزان دستیایی به اهداف مقرر در قانون اساسی، سند چشم‌انداز و سیاست‌های کلی مصوب مقام معظم رهبری (مدظله العالی) مجدانه کوشا باشید.

شایسته است با عهده‌داری مسئولیت مرکز بررسی‌های استراتژیک ریاست جمهوری و با استفاده بهینه از ظرفیت‌های موجود، وظایف و کار ویژه‌های این مرکز را به تشکیلات مناسب برای معاونت تبدیل نمایید.

بدیهی است کلیه دستگاه‌ها و نهادهای دولتی همکاری لازم را با جناب‌عالی به عمل خواهند آورد.

توفیقات روزافزون آن جناب را در انجام شایسته وظایف محوله از درگاه خداوند سبحان خواستارم.

مسعود پزشکیان
رئیس جمهوری اسلامی ایران»

خداحافظی رسمی پزشکیان با ظریف به عنوان معاون راهبردی 

رئیس‌جمهور در پیامی به محمدجواد ظریف، تصریح کرد: اکنون که مجموعه محدودیت‌ها، امکان بهره‌مندی از دانش و تجربیات جنابعالی که متصف به صفات تدین، وجدان، احساس مسئولیت، غیور و شجاع از سوی مقام معظم رهبری هستید، در مسئولیت معاون راهبردی رئیس جمهور را از ما سلب کرده است، مراتب قدرشناسی و سپاس خود را از تلاش‌های صادقانه و مسئولانه جنابعالی ابراز می‌دارم و علاقمندم که همچنان از شایستگی‌های علمی و تجربی شما برادر عزیز بهره‌مند باشم.

سیدمهدی طباطبایی، معاون ارتباطات و اطلاع رسانی دفتر رئیس جمهوری درباره علت تایید و تکذیب‌های انتصاب معاون جدید راهبردی توضیح داد:

با تصمیم رئیس جمهور پزشکیان دکتر محسن اسماعیلی طی حکمی به عنوان معاون راهبردی و امور مجلس ریاست جمهوری منصوب شد. شتابزدگی و تعجیلی که برخی رسانه‌ها قبل از نهایی شدن تصمیم رئیس جمهور داشتند موجب شد تا آشفتگی در امر اطلاع رسانی تفسیر و القا شود. درحالیکه این حکم امروز توشیح شد.