در پی بمباران بیمارستان المعمدانی غزه و کشته شدن ۵۰۰ نفر در فلسطین سه روز عزای عمومی اعلام شد و جنبش مقاومت اسلامی فلسطین (حماس) سهشنبه شب این جنایت را محکوم آن را مصداق بارز نسلکشی خواند.
حجت الاسلام و المسلمین سید حسن خمینی در پیامی نوشت:«آنچه امشب در غزه واقع شد، مرگ انسانیت در روح و ضمیر کسانی است که به سبب منافع خود در کنار رژیم منحوس صهیونیستی قرار گرفته اند. جنایت بیمارستان المعمدانی اگر نتواند وجدان به خواب رفته حاکمان آمریکا و اروپا و رسانه های آنها را بیدار کند، دیگر باید ایشان را «مردگان عالم انسانیت» نامید.
آنچه واقع شد پایان مشروعیت سیاست ورزی بزدلانه برخی حاکمان عرب بود و بیش از هر چیز به مسلمانان و آزادگان نشان داد رژیم سفاک اسراییل از کمترین مشروعیت اخلاقی برخوردار نیست. این فاجعه نشان داد که با سردمداران این رژیم و طرفداران آنها جز با منطق قدرت و زور نمی توان سخن گفت.
کشتن کودکان و زنان بی دفاعی که به بیمارستانی پناه برده بودند، مطابق کدام منطق انسانی جایز است؟ بمباران غیرنظامیان با کدام ملاک و معیار قابل توجیه است؟
اما واقعا نمی دانم آیا می توان امیدوار بود که این حادثه تلخ وجدان های خواب گرفته ای را بیدار کند؟ ملت فلسطین به مظلومیت تاریخی خود این دردجانکاه را خواهد افزود و به آینده درخشان خود ان شاء الله نزدیک تر خواهد شد.»