حضور پررنگ و مستمر در عرصه‌های فکری و تربیتی، شاید مهم‌ترین وجه‌شخصیتی مرحوم علامه مصباح‌یزدی است. در همین زمینه یکی از ده‌ها فعالیت علامه‌مصباح در سال‌های پس از انقلاب، حضور موثر در تاسیس دفتر «همکاری حوزه و دانشگاه» به‌منظور اجرای طرح مقدماتی «بازسازی علوم انسانی» و ریاست این دفتر در دوسال ابتدایی تاسیس آن بود. این دفتر سال 61 توسط جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و به درخواست ستاد انقلاب فرهنگی تشکیل شد و طرح آن به تایید امام‌خمینی نیز رسید. در همین راستا علامه مصباح‌یزدی، رئیس دفتر «همکاری حوزه و دانشگاه» و اعضای آن 28 شهریورماه 61 و در ماه‌های آغازین فعالیت خود در ملاقاتی برای تعیین اهداف کلی این دفتر و اخذ راهنمایی‌های امام‌خمینی به دیدار ایشان رفتند. در این دیدار مرحوم علامه‌مصباح به نمایندگی از دفتر «همکاری حوزه و دانشگاه» چند دقیقه‌ای مقابل رهبرانقلاب سخنرانی کرد و به معرفی و ترکیب اعضای این دفتر پرداخت.
او درباره اعضای تشکیل‌دهنده این دفتر در این جلسه گفت: «یک دسته اساتید محترم دانشگاه هستند که براساس امری که امام فرموده‌اند با حوزه علمیه قم برای بازسازی علوم انسانی شرکت کنند، در این طرح شرکت جسته‌اند و سه ماه تابستان [سال 61] را در یکی از مراکز دانشگاهی تهران مشغول تحقیق و مطالعه معارف اسلامی بر پایه‌های علوم انسانی از دیدگاه قرآن کریم بودند. همچنین گروهی از برادران فضلای حوزه علمیه قم که با اساتید دانشگاه همکاری داشتند.
دسته دیگر مربیان امور تربیتی هستند که وابسته به وزارت آموزش‌وپرورش هستند و مسئولان ستادی و اجرایی وزارت آموزش و پروش، معاونان و مدیران کل و عده‌ای از مسئولان برنامه‌ریزی. گروه دیگری روسای دانشگاه‌های سراسر کشور و عده‌ای از اساتید دانشگاهند که وابسته به وزارت آموزش عالی هستند.» علامه مصباح در ادامه از امام می‌خواهد رهنمودهایی به‌عنوان چراغ راه آینده دفتر همکاری حوزه و دانشگاه ارائه کند. امام نیز سخنرانی نسبتا مفصلی درباره مساله آموزش و همچنین همکاری حوزه و دانشگاه می‌کند. درمجموع صحبت‌های امام در این رابطه را می‌توان در سه محور خلاصه کرد.
اولین توصیه‌ای که امام در این جلسه خطاب به اساتید حوزه و دانشگاه به‌عنوان متصدیان امر آموزش در کشور می‌کند، لزوم تعقیب اصل علم و پرهیز از مدرک‌گرایی است: «همچو نباشد که [آقایان] دنبال این باشند که یک سندی دست بدهند یا یک سندی بگیرند، [یا] یک مدرکی داشته باشند. خود علم را تعقیب کنند.» دومین نکته مهمی که امام در این جلسه خطاب به دفتر همکاری و مجموعه علامه مصباح دارد، مساله تهذیب درکنار آموزش است.
ایشان کسب علم و تهذیب‌نفس را دو بال سعادت یک کشور می‌داند که برای پرواز به هردوی آنها نیاز است و معتقد است اگر پرورش و تهذیب‌نفس در کنار آموزش نباشد، تلاش و عمل متصدیان آموزش به هدر رفته است و خدمت مثبتی به کشور نمی‌شود و در سطحی بالاتر ایشان می‌گوید: «هرچه به سر بشر می‌آید از علم بدون تهذیب است.» همچنین رهبر کبیر انقلاب در این دیدار فساد را محصول علم بدون تهذیب‌نفس در حوزه و دانشگاه می‌داند و می‌گوید: «اگر اساتید دانشگاه فقط همّشان این باشد که درس بگویند، فقط بنایشان بر این باشد که تعلیم کنند اینها را، پهلویش تربیت نباشد، تربیت معنوی نباشد، از دانشگاه آنها می‌آید بیرون که فساد می‌کنند. حوزه‌های علمی هم همین‌طور است. اگر در حوزه‌های علمی قدیمی تهذیب نباشد، اخلاق نباشد، آموزش معنوی نباشد، فقط آموزش علمی باشد، فقط علم در کار باشد، آنجا هم افرادی از آن خواهند بیرون آمد که دنیا را هلاک می‌کنند، به هم می‌زنند. پس آن دو رکن آموزش با رکن پرورش باید بگوییم که اینها با هم هستند و اگر با هم در یک جمعیتی، در یک بنگاهی، در یک مدرسه‌ای، در یک دانشگاهی، اینها هم‌دوش هم رفتند و جلو رفتند، آن وقت است که ما استفاده از دانشگاه می‌کنیم؛ استفاده از حوزه‌های علمی می‌کنیم؛ استفاده از همه‌جا می‌کنیم.» سومین و آخرین مساله و دغدغه فکری که از سوی امام در دیدار با دفتر همکاری مطرح می‌شود، مساله وحدت حوزه و دانشگاه است. ایشان جدایی و اختلافی که بین حوزه و دانشگاه در سال‌های قبل از پیروزی انقلاب ایجاد شده بود را مصداق جنایت و خیانت به کشور می‌داند و اعتقاد داشت، نبود چنین وحدتی کشور را از پیشرفت بازداشته بود: «یکی از خیانت‌هایی که به این کشور شد، جدا کردن فیضیه به‌اصطلاح با دانشگاه بود. اساتید از ملاها می‌ترسیدند. می‌گفتند اینها هیچند. اینها تهی‌مغزند. اینها هیچی نمی‌دانند. حوزه‌های ما هم از دانشگاهی‌ها می‌ترسیدند. می‌گفتند آنها بی‌دینند همه‌شان... وقتی که پای علما در دانشگاه باز شد و پای اساتید دانشگاه در حوزه‌ها باز شد، آن وقت می‌فهمند که چه جنایتی وارد شده است بر این کشور. وقتی که اساتید دانشگاه تشریف بردند به قم و با آقایانی که مشغول هستند به این کارها، تماس گرفتند و با هم نشستند و مسائل را طرح کردند، آن وقت می‌فهمند که اینقدر فریاد که زده می‌شود که اسلام یک فرهنگ غنی‌ای است در همه چیز. اسم آخوند را توی دانشگاه نمی‌شد ببری. اسم دانشگاهی هم در محیط فیضیه نمی‌شد ببری. هریک از اینها اگر می‌رفتند آنجا، خودشان را غریب می‌دیدند. خودشان را هیچ می‌دیدند. می‌دیدند که به محیط بدی وارد شده‌اند. این برای این بود که، این‌طوری درست کردند تا اینکه این دو جبهه‌ای که می‌توانند کشور را حفظ کنند و می‌توانند نجات بدهند از گرفتاری‌ها، اینها دشمن هم بشوند. این سرکوبی او را بکند، او سرکوبی او را بکند، آنها نتیجه‌اش را بگیرند و نتیجه را گرفتند، دیدیم که گرفتند... باید این پیوند بین دانشگاه و فیضیه برقرار باشد. بین حوزه‌های علمیه قدیمی و حوزه‌های علمی جدید باید پیوند باشد تا بتوانید شما کشور خودتان را حفظ کنید. اگر این دو قشر هماهنگ بشود و اگر صالح بشود این دو قشر دانشمند، کشور ما هیچ نقصی دیگر نمی‌تواند پیدا بکند.»