در پی انتشار نامه پوزش‌خواهی مرحوم آیت‌الله آذری‌قمی از رهبر معظم انقلاب اسلامی در رسانه‌ها و طرح برخی ادعاها و تردیدها در صحت و تاریخ آن، برخی از پژوهشگران تاریخ انقلاب اسلامی و تعدادی از مراکز و موسسات فعال در حوزه مطالعات تاریخی، طی نامه‌ای با اشاره به اهمیت موضوع و مباحث پیش‌آمده، از دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای مدظله‌العالی درخواست روشنگری و رفع ابهام کردند.
این دفتر در پاسخ به این درخواست اعلام می‌کند مرحوم آیت‌الله آذری‌قمی مکاتبات متعددی با رهبر معظم انقلاب مدظله‌العالی داشته که ازجمله آنها دو نامه مشتمل بر عذرخواهی از معظم‌له است. نامه اول در ۱۲/۳/۱۳۷۵ برابر با ۱۴محرم ۱۴۱۷ نگارش شده که در صفحه۱۶۶ کتاب «روشن‌بینی امام‌خمینی رحمه‌‌الله‌علیه» تالیف آیت‌الله ری‌شهری دامت‌برکاته درج شده و اخیرا توسط موسسه تنظیم و نشر آثار حضرت امام‌خمینی قدس‌سره‌الشریف منتشر شده است. مرحوم آیت‌الله آذری‌قمی در نامه دیگری در تاریخ ۱/۲/۱۳۷۶ با اشاره به نامه اول، به همین مضمون تصریح کرده و در بخشی از آن نوشته است:
«در نامه‌ای که توسط آقای مسعودی تقدیم شد جهت را سوال کرده بودید ایشان نمی‌دانستند. در اوائل مساله مرجعیت من فکر می‌کردم که شما هم به‌دنبال مقام هستید. با توسل به حضرت‌عباس سلام‌الله‌علیه مشکلم فورا حل شد و شنیدم که فرزندان خود را به آقای بهجت ارجاع داده‌اید. در هر صورت من سخت احساس مظلومیت و محرومیت از خدمت به نظام می‌نمایم و از شما توقع دارم که آن را رفع نمایید و اگر با آن سوءظن به شما جسارت شده مرا ببخشید.»
این دفتر برای رفع هرگونه ابهام و به‌منظور بهره‌برداری همه علاقمندان به‌خصوص پژوهشگران حوزه تاریخ انقلاب اسلامی، تصویر آنها را منتشر می‌کند.
روابط‌عمومی دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای مدظله‌العالی
نامه برخی از موسسات فعال در حوزه مطالعات تاریخی درباره سندیت نامه عذرخواهی مرحوم آذری‌قمی از رهبری
بسم الله الرحمن الرحیم
حضور محترم ریاست دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای مدظله‌العالی
سلام علیکم؛ همان‌گونه که مستحضر هستید در ماه گذشته برخی از رسانه‌های مکتوب و مجازی برای اولین‌بار متن و تصویر نامه‌ای منسوب به مرحوم آقای آذری‌قمی با مضمون عذرخواهی وی از مقام معظم رهبری و اظهار پشیمانی از مواضعی را که بر علیه ایشان اتخاذ کرده بود، منتشر کردند که منجر به واکنش‌هایی نسبت به آن شده است. یکی از مهم‌ترین این واکنش‌ها تشکیک در اصل وجود نامه و صحت تاریخ انتشار نامه است. شایان ذکر است که در برخی منابع تاریخی همچون کتاب خاطرات آیت‌الله‌العظمی شبیری‌زنجانی با عنوان «جرعه‌ای از دریا»، ج۴ ص۶۵۳ و همچنین در تصویری که از دست‌خط آن مرحوم توسط یکی از خبرگزاری‌ها منتشر شده است، صدور آن در تاریخ ۲۷اردیبهشت سال۱۳۷۶ دانسته شده است درحالی که در برخی آثار تاریخی همچون کتاب «روشن‌بینی امام‌خمینی رحمه‌الله در نامه ۶/۱/۱۳۶۸» تالیف آیت‌الله ری‌شهری، ص۱۶۶ که ازسوی موسسه عروج وابسته به موسسه تنظیم و نشر آثار امام‌خمینی(ره) منتشر شده، تاریخ صدور نامه ۱۲خرداد ۱۳۷۵ قید شده است. گفتنی است منبع اخیر، این نامه و تاریخ نگارش آن را به «مرکز اسناد دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای» استناد کرده است.
با توجه به تهافت یادشده در تاریخ صدور نامه در این منابع و ابهام به وجود آمده پیرامون آن و اهمیت ثبت مضمون نامه به‌عنوان سندی مهم و عبرت‌آموز در تاریخ انقلاب اسلامی، تقاضامندیم که آن مرکز نظر صریح خود را درباره تاریخ، مضمون نامه و اصالت تصویر منتشرشده از آن نامه، برای صیانت از حافظه تاریخی ملت و اسناد تاریخی که افراد و جریان‌هایی درصدد مخدوش‌سازی و تحریف آنها هستند، اعلام کند.
والأمر إلیکم
والسلام علیکم و رحمه الله و برکاته
1. بنیاد تاریخ‌پژوهی و دانشنامه انقلاب اسلامی
2. مرکز اسناد انقلاب اسلامی
3. موسسه مطالعات تاریخ معاصر ایران
4. مرکز بررسی اسناد تاریخی
5. دفتر مطالعات و تدوین تاریخ ایران
6. موسسه مطالعات و پژوهش‌های سیاسی