دانشگاه آزاد از حیث تعداد دانشجو قریب به 40 درصد بار آموزشی عالی را عهده‌دار است. این مجموعه بزرگ که بیش از یک میلیون و چهارصد هزار دانشجو و حدود 20 هزار عضو هیئت علمی را در گستره‌ای به وسعت ایران در خود جای داده، سهمی در حدود یک‌پنجم یا به عبارت دقیق‌تر 18 درصد در انتشار تولیدات علمی پراستناد و اثرگذار کشور دارد. داده‌های پایگاه شاخص‌های اساسی علم (ESI) یکی از پایگاه‌های اطلاعاتی مؤسسه کلاریویت آنالایتیکس که آخرین بار ۸ ژانویه ۲۰۲۶ به‌روز شده نشان می‌دهد بیش از 74 هزار سند علمی از این مؤسسه آموزش عالی در پایگاه استنادی وب آو ساینس منتشر شده که تاکنون بیش از یک میلیون و 341 هزار بار مورد استناد قرار گرفته‌‌اند. این اعداد دانشگاه آزاد را در جایگاه صدویکم براساس تعداد انتشارات در بین بیش از 10 هزار مؤسسه علمی جای داده است. براساس تعداد استنادات هم، رتبه 214 از آن این دانشگاه شده است و از هر دو جنبه برترین دانشگاه ایرانی در این پایگاه استنادی به حساب می‌آید. البته بررسی‌های دقیق‌تر از عملکرد این دانشگاه حکایت از رشد کیفیت مستندات علمی دارد و در برخی شاخص‌ها هم از متوسط عملکرد مؤسسات علمی ایرانی با اختلاف بهتر بوده است. 
اگرچه هنوز برای جمع‌بندی‌های اعداد و ارقام انتشارات علمی در سال میلادی اخیر و ارزیابی‌های دقیق‌تر باید چند هفته‌ای صبر کرد، اما بااین‌حال تازه‌ترین داده‌های پایگاه اینسایتس کلاریویت( InCites)  نشان می‌دهد در پنج سال اخیر (۲۰۲5-۲۰۲1) که ششم فوریه 2026 به‌روزرسانی شده 47 هزار سند در وب آو ساینس منتشر شده که 487 هزار بار مورد استناد قرار گرفته است. 7 هزار و 836 مورد از این اسناد هم مربوط به سال میلادی اخیر (2025) بوده است که قریب به 10 هزار مرتبه هم به آن‌ها استناد شده است. از حیث استنادات دانشگاه آزاد تا الان در جایگاه 171 جهان بین 18 هزار مؤسسه این فهرست قرار دارد و البته می‌توان انتظار داشت با تکمیل اطلاعات جایگاه بهتری هم نصیب این دانشگاه شود.
اما نکته مهم‌تر تغییراتی است که نشان از بهبود عملکرد کیفی پژوهشگران این دانشگاه دارد. درواقع اگرچه همانند روند کلی کشور، تعداد مقالات علمی دانشگاه آزاد اسلامی کمی با کاهش مواجه شده، اما کیفیت مقالات منتشرشده به طور معناداری افزایش یافته است. بررسی روند مقالات Highly Cited از سال ۲۰۲۰ تا ۲۰۲5 و مقایسه آن با میانگین کشوری نیز به‌وضوح نشان می‌دهد که دانشگاه آزاد اسلامی در این بازه زمانی توانسته فاصله خود را با متوسط کشور افزایش دهد. پیش از سال ۲۰۲۰، سهم دانشگاه آزاد از این دسته مقالات پایین‌تر از میانگین کشوری بود، اما در حال حاضر درصد مقالات Highly Cited با فاصله‌ای معنادار افزایش یافته است. 
تحلیل روند برون‌داد‌های پژوهشی دانشگاه آزاد اسلامی نشان می‌دهد که این دانشگاه در سال‌های اخیر، به‌جای تمرکز صرف بر افزایش تعداد مقالات علمی، رویکرد خود را به سمت ارتقای کیفیت خروجی‌های پژوهشی معطوف کرده است. تعداد مقالات نمایه‌شده در Q1 با رشد همراه بوده، درحالی‌که مقالات Q4 روندی کاهشی داشته‌اند. اتفاقی که بیانگر سیاست‌گذاری هدفمند دانشگاه در جهت افزایش سهم مقالات باکیفیت و کاهش تولیدات علمی کم‌اثر است. در سایر شاخص‌ها، از جمله مقالات یک درصد برتر دانشگاه آزاد اسلامی با اختلافی قابل‌توجه بالاتر از میانگین کشوری قرار گرفته است.