دفتر نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه آزاد نقش مهمی در هدایت علمی و انقلابی دانشگاه داشته و با ایجاد ظرفیت‌های جدید، در تصمیم‌گیری‌ها و تربیت نسل جوان تأثیرگذار خواهد بود.