علیرضا زاکانی، شهردار تهران، درباره فروش کتاب‌های کتابخانه آیت‌الله طالقانی در بساط دست‌فروشان کتاب گفت: این موضوع درحال بررسی است؛ کتاب‌ها دسته‌بندی شده بود و شهرداری نیز در حال بررسی وضعیت کتاب‌ها است. شهرداری تهران با هماهنگی وزارت میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری مقرر شده، اقدامات لازم برای بازسازی و ایجاد زمینه بهره‌مندی مردم از امکانات و اقتضائات، فراهم شود.
این در حالی است که احمد علوی، رئیس کمیته میراث فرهنگی شورای شهر تهران، ۲۰ مهرماه در جلسه شورای شهر تهران گفته بود: واقعا موضوع را بررسی کردیم و متأسفانه صحت داشت. موضوع از این قرار است که در زمان انجام مرمت، کتاب‌های موجود در خانه را به داخل مدیریت فرهنگی و هنری منطقه انتقال داده و در آنجا متأسفانه در نگهداری این مجموعه کتاب‌ها دقت لازم نمی‌شود و کتاب‌ها سر از جاهایی در می‌آورند که نباید. حتماً نهادهای نظارتی وظیفه دارند که با مقصران برخورد کنند و سرانجام آن را نیز، به اطلاع همگان برسانند.
سخنگوی شهرداری تهران نیز با تایید فروش کتاب‌های این کتابخانه از سرقت آن‌ها خبر داده بود: پس از تخلیه خانه به منظور مرمت و بازسازی، کتاب‌ها در یک انبار دپو شده بودند که به دلیل یک سرقت از این انبار بخشی از کتاب‌ها کتاب‌ها مفقود می‌شود و پرونده این سرقت در پلیس آگاهی تهران باز بوده و شهرداری تهران به‌عنوان شاکی این پرونده در انتظار نتیجه است.
طبق گزارشی که در فرهیختگان با عنوان «شهرداری با کتابخانه آیت‌الله طالقانی چه می‌کند؟» منتشر شد، بعد از اینکه کتاب‌ها به جای دیگری منتقل می‌شوند تا خانه مرمت شود، طی چند ماه اخیر برخی کتاب‌ها برای فروش به بازار دست‌دوم‌فروشی‌ها و حتی کتابفروشی‌هایی که کتاب‌های دسته دوم می‌خرند، برده می‌شود. کتاب‌های به‌جامانده از آیت‌الله طالقانی جزو میراث ملی‌اند و به غیر از به فروش نرسیدن، حتما باید شرایط نگهداری درستی داشته باشند. پیگیری‌های «فرهیختگان» نشان از این دارد که کتاب‌ها چه در زمان نگهداری در کتابخانه و چه در محلی که به‌صورت امانت بوده‌اند وضعیت نامناسبی داشته و به همین دلیل احتمال از بین رفتن‌شان وجود دارد.