مسعود پزشکیان در واکنش به ترور اسماعیل هنیه پیامی صادر کرد. متن کامل پیام به شرح ذیل است:
رژیم صهیونیستی که پس از ماه ها کشتار و جنایت و ویرانی در غزه دچار بن بست و قفل شدگی بوده و قادر به رهایی از پیامدهای سیاست تاریخی مبتنی بر اشغالگری، تروریسم، تبعیض نژادی و کشتار جمعی خود نیست بامداد امروز برادر عزیز و مجاهد راه خدا شهید اسماعیل هنیه رئیس دفتر سیاسی جنبش مقاومت اسلامی فلسطین - حماس را در تهران هدف عملیات جنایتکارانه تروریستی خود قرار داد و به شهادت رساند.
شهادت هنر مردان خداست و شهید اسماعیل هنیه که پیش از این بسیاری از نزدیکان و اعضای خانواده و رهبران جنبش مقاومت تحت رهبری خود را در عملیاتهای تروریستی اسرائیل از دست داده بود، پس از عمری مجاهدت و مبارزه برای رهایی ملت فلسطین از اشغال صهیونیستی به آرزوی همیشگی خود رسید و به دیدار خداوند شتافت اینجانب پوشیدن جامه شهادت را بر اسماعیل هنیه و همراه شهیدش به همه مبارزان مقاومت و ملت بزرگ فلسطین و همه امت اسلامی تبریک و تسلیت می گویم. این اقدام تروریستی همچون دیگر جنایتهای رژیم صهیونیستی، ناقض قوانین و مقررات بین المللی بوده و ضرورت اقدام متحد جهان به ویژه کشورهای اسلامی را برای مقابله با این رژیم جنایتکار و اشغالگر بیش از پیش نشان می دهد. این جنایت در تهران و هنگامی انجام شد که برادر عزیزمان شهید اسماعیل هنیه، میهمان رسمی رئیس جمهور و دولت جمهوری اسلامی بوده و برای شرکت در مراسم سوگند ریاست جمهوری به ایران سفر کرده بود جمهوری اسلامی ایران در پاسداری از تمامیت ارضی و حاکمیت ملی و عزت و اعتبار خود کوتاهی نخواهد کرد و رژیم صهیونیستی به زودی نتایج اقدام بزدلانه و تروریستی خود را خواهد دید.
همچنین مسعود پزشکیان، رئیس‌جمهور در حساب کاربری خود در شبکه اجتماعی ایکس نوشت: «امروز ایران عزیز به سوگ شریک غم و شادی خود، همراه همیشگی و پرافتخار راه مقاومت، رهبر شجاع مقاومت فلسطین، شهید القدس، حاج اسماعیل هنیه نشسته است. دیروز دست فاتح او را بالا بردم و امروز باید بر روی شانه‌هایم او را تشییع کنم.
شهادت هنر مردان خدا است. پیوند دو ملت سربلند ایران و فلسطین مستحکم‌تر از قبل خواهد شد و مسیر مقاومت و دفاع از مظلوم پر قدرت‌تر از همیشه دنبال می‌شود. جمهوری اسلامی ایران از تمامیت ارضی و عزت و حیثیت و افتخار و شرف خود دفاع، و اشغالگران تروریست را از اقدام بزدلانه خود پشیمان خواهد کرد. «إِنَّ اللَّهَ عَزِیزٌ ذُو انْتِقَامٍ»